2018 Fiscal Year Research-status Report
遺伝子制御領域に着目したゲノム進化過程解明のための新しいオーソログ解析手法の開発
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17K12782
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| Research Institution | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等) |
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Principal Investigator |
千葉 啓和 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任助教 (60625648)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | アラインメントアルゴリズム / オーソログ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
近年のゲノム配列解読技術の進展にともない、これまで非常に多くの生物のゲノム情報が得られてきた。それらのゲノム配列から、生物進化の歴史に迫ることが可能になろうとしている。申請者らは、これまで、多様な生物の間で共通する遺伝子(オーソログ)を検出するための方法を開発し、得られた情報をデータベースとしてまとめてきた。しかし、遺伝子の調節によっても生物の多様性が生じうることから、比較解析の対象に遺伝子制御領域を含めることが極めて重要である。これまでに、オーソログデータベースとしては数多くのものが発表されてきたが、制御領域についていえば、領域を正確に定義することがより困難であり、世界的に見ても未開拓の領域である。そこで本研究では、遺伝子制御領域に着目した新しいオーソログ解析を展開し、ゲノム進化に関する新しい知見を得ることを目的とした。研究実施計画の概要としては、1年目にデータ基盤整備、2年目にアルゴリズムの検討、3年目以降にデータ解析を進めるという流れになっている。1年目のデータ基盤整備に続いて2年目となる当該年度では、制御領域のアラインメントの精密化手法の開発に取り組んだ。配列のバリエーションをどのように表現するかという観点から、既存の手法に加え最新の研究動向を踏まえて、ゲノムグラフに基づくアルゴリズムについても検討を行った。3年目以降はオーソログ解析を進め、どのような生物系統の、どのような遺伝子で、制御領域に変化が起きたのかを明らかにしていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
1年目のデータ基盤整備に続いて2年目となる当該年度では、制御領域のアラインメントの精密化手法の開発に取り組んだ。配列のバリエーションをどのように表現するかという観点から、既存の手法に加え最新の研究動向を踏まえて、ゲノムグラフに基づくアルゴリズムについても検討を行った。
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| Strategy for Future Research Activity |
1年目のデータ基盤整備および2年目のアルゴリズム開発に続いて、3年目以降はオーソログ解析を進め、どのような生物系統の、どのような遺伝子で、制御領域に変化が起きたのかを明らかにしていく。
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| Causes of Carryover |
当該年度は、物品費として計算機購入を含めた費用を計上していたが、既存設備を利用することによって研究遂行が可能であったため、物品費使用は書籍の購入にとどまり、結果的に次年度使用額が生じた。次年度において、研究成果発表のための費用として使用する計画である。
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