2019 Fiscal Year Research-status Report
遺伝子制御領域に着目したゲノム進化過程解明のための新しいオーソログ解析手法の開発
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17K12782
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| Research Institution | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等) |
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Principal Investigator |
千葉 啓和 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任助教 (60625648)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | オーソログ解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、近年得られた多様な生物のゲノム配列を対象として、精密な比較解析を行い進化学的知見を得るための新しいオーソログ解析手法を開発することを目的としている。利用可能なゲノムあるいはプロテオーム配列は増え続けており、これらを有効に活用することによって、より情報量の多いオーソログ解析が可能になろうとしている。増え続けるデータに柔軟に対応するため、NCBIおよびUniProtから利用可能なゲノムおよびプロテオームを取得してオーソログ解析を行う一連のPythonパイプラインを構築した。また、対象生物種に関してWebブラウザで探索できるようなインターフェースをJavaScriptで開発した。当初は原核生物を対象として想定していたが、真核生物も対象とすることとした。これらの開発したパイプラインおよびWebアプリケーションについては、他の研究者にも使ってもらった上で議論しフィードバックを得ている。今後の計画としては、開発したパイプラインおよびWebアプリケーションを公開して、より多くの研究者に利用してもらうことを考えている。当初の計画では、国内および国外の学会に参加して発表を行う予定であったが、新型コロナウイルス感染症の影響もあり、今後学会がこれまでと同様に開催されるかは不透明なのが現状である。最近ではオンライン学会などの代替手段も増えてきているため、そうした機会を利用して発信していくことも考慮に入れる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
NCBIおよびUniProtから利用可能なゲノムおよびプロテオームを取得してオーソログ解析を行う一連のPythonパイプラインを構築した。また、対象生物種に関してWebブラウザで探索できるようなインターフェースをJavaScriptで開発した。当初は原核生物を対象と想定していたが、真核生物も対象とすることとした。これらの開発したパイプラインおよびWebアプリケーションについては、他の研究者にも使ってもらった上で議論しフィードバックを得ている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、開発したパイプラインおよびWebアプリケーションを公開し、より多くの研究者に利用してもらうことを考えている。当初の計画では、国内および国外の学会に参加して発表を行う予定であったが、新型コロナウイルス感染症の影響もあり、学会がこれまでと同様に開催されるかは不透明である。最近ではオンライン学会などの代替手段も増えてきており、そうした機会を利用して発信していくことも考慮に入れる。
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| Causes of Carryover |
新型コロナウイルス感染症の影響で、年度内に物品調達が行われない可能性が生じたため、発注を次年度に入ってから行うことにした。
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