2018 Fiscal Year Research-status Report
網羅的ゲノム解析に基づく難治がんのバイオマーカー・治療標的の策定
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17K15038
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| Research Institution | Gunma University |
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Principal Investigator |
川端 麗香 群馬大学, 未来先端研究機構, 講師 (90721928)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | RNA-seq / トリプルネガティブ乳がん / 新規治療標的 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、診断技術や治療技術の向上にも関わらず治癒率の低い難治がんへの新規治療アプローチの開発を大目的とし、オミックス解析を展開、公共データベースに登録されている網羅的ゲノム・臨床情報を統合利用することにより、それらの予後予測因子、治療効果予測因子、および治療標的の同定を試みる。
申請者は、平成30年5月より、令和元年5月現在まで、産前産後休暇および育児休業により、研究を中断している。その間、昨年度までに施行した、乳がん細胞株を対象とした、次世代シーケンサーを用いたRNA-seq/ shRNA-seq統合解析、および、1,900例の臨床検体の公共データベース解析、正常組織におけるRNA-seq発現解析データベースを利用し、候補バイオマーカーの絞り込みを行なった。さらに、免疫組織学的染色解析を追加し、臨床情報との関連解析を行うことにより、トリプルネガティブ乳がんにおける新規バイオマーカーを同定、論文として発表した(Handa T, Katayama A, Yokobori T, Yamane A, Fujii T, Obayashi S, Kurozumi S, Kawabata-Iwakawa R, Gombodorj N, Nishiyama M, Asao T, Shirabe K, Kuwano H, Oyama T., Carboxypeptidase A4 accumulation is associated with an aggressive phenotype and poor prognosis in triple-negative breast cancer. Int J Oncol. 2019 Mar;54(3):833-844.)。また、新規に、ナノポアシーケンサーを用いた、がん細胞における網羅的新規転写産物解析の検討を行なった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
平成30年5月1日から令和元年5月現在まで、産前産後休暇、育児休業のため研究を中断している。昨年度計画していた肺がんの研究は、今年度以降に、行う予定である。一方で、乳がん研究について、次世代シーケンサーのデータ解析およびデータベース解析を進め、悪性度の高いトリプルネガティブ乳がんの新規予後マーカーの同定に結ぶことができた。以上の結果から、総合的に、やや遅れて進展していると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
肺がんにおける治療標的候補の生物学的意義と有用性を検討するとともに、乳がんにおけるRNA-seq/ shRNA-seq統合解析にパスウェイ解析を追加し、トリプルネガティブ乳がんにおける新規治療標的経路を同定する。さらに変異データと組み合わせて特定のTNBCがん細胞特異的変異のある場合のみ殺細胞効果を示す「合成致死」を引き起こす標的を策定する。
肺がん、乳がん症例を対象とした転写産物解析を行い、がん特異的に発現する新規転写産物を探索する。actionableなドライバー変異をもたない症例を中心に、また予後不良例と良好例の比較が可能な組み合わせで症例を選択し、がん部と対応する患者の非がん部由来のRNAを解析に供する。PacBio RS IIを用いたSMRT法を計画していたが、機器の故障のため、ナノポアを用いた網羅的転写産物、あるいは、これまでの研究による候補遺伝子の転写産物を対象に解析を行う。検出された新規転写産物はダイレクトシーケンス法で配列を、 定量的PCR法で発現量を確認し、生物学的意義と有用性の検討を行う。 以上の結果を総合して、肺がん、乳がんにおけるバイオマーカー、治療標的を同定し、臨床展開の可能性を検討する上での本手法の有用性を示すとともに、同定された遺伝子の変動に基づいた先端的診断、治療法の開発研究を推進する。
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| Causes of Carryover |
産前産後休暇および育児休業により研究を中断したため、次年度使用額が生じた。次年度に細胞実験およびナノポアシーケンスに使用する試薬費として使用予定。
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Research Products
(1 results)
