2018 Fiscal Year Research-status Report
Multi-omics database for Alzheimer's disease
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17K15049
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
菊地 正隆 大阪大学, 医学系研究科, 特任講師(常勤) (90722538)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | アルツハイマー病 / マルチオミックス / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
これまでアルツハイマー病(AD)患者死後脳で測定された様々なオミックスデータ(一塩基多型(SNP)、コピー数多型(CNV)、mRNA量、マイクロRNA量など)が解析され報告されてきているが、単一のデータセットに由来する解析結果には、少サンプル数の問題や多くの仮説検定を行うことに起因する偽陽性が生じており、異なるサンプル集団では再現性が取れないことがしばしばある。この問題を解決する手段の一つとして、公共データベース(DB)に蓄積されてきた利用可能なデータセットを再解析し、各データセットで算出された統計量を統合するメタアナリシスを行うことが有効である。本研究では公共DBに蓄積されたADに関連する様々なオミックスデータを整備し統合DBを構築する。さらにメタアナリシスツールを開発するとともに、AD患者死後脳データを用いデータドリブンに分子パスウェイを推定しDBに格納する。平成30年度は前年度に準備した104データセット、計13,540サンプルの公共データの中から各データセットの概要を手作業で調べ、本データベースへの登録に相応しい67データセット、計10,227サンプルをフィルタリングした。ダウンロードした発現量などの数値データは研究デザインに沿った統計手法により健常者とAD患者の比較解析を行っており、現在進行中である。また解析したデータを検索、表示できるウェブページADMIX（Alzheimer’s Disease Multi-omICS database） （http://www.alzdb.org/admix/gene_submit.html）データベースを作成し、解析が完了したデータを準備格納している。*URLやウェブページのレイアウトは今後変更される可能性がある。来年度はさらに解析および開発を進めDBの公開や論文化を進めていく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定通りデータの解析やデータベースの構築が進んでいる。解析した一部データについてはウェブサイトでの公開も完了し、検索システムや可視化機能についても現在問題なく進んでいるため、計画はおおむね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続きデータの再解析を進め算出した統計量をDBサーバーへ格納する。またすべての統計量を算出後、メタアナリシスを行い、得られた統計量もDBサーバーへ格納する。メタアナリシスではデータセットごとに算出されたβ値やp値をFisher法(1925)やStouffer法(1949)により統合することでデータセットを通した各分子の疾患への寄与を評価する。さらにWebサーバー上で各遺伝子やSNPの数値情報を可視化するツールを用意する。
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| Causes of Carryover |
次年度に予定している論文化や学会発表に使用する予算を確保するため今年度一部予算を繰り越した。
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| Remarks |
解析したデータを検索、表示できるウェブページ。URLやウェブページのレイアウトは今後変更される可能性がある。
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[Presentation] APOE遺伝型はAPPの遺伝子発現量に影響を及ぼすか?:ヒト死後脳における検証2018
Author(s)
村上涼太, 朱斌, 原範和, 菊地正隆, 月江珠緒, 春日健作, 宮下哲典, 中谷明弘, 赤津裕康, 柿田明美, 村山繁雄, 池内健
Organizer
日本認知症学会学術集会
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