2018 Fiscal Year Research-status Report
比較ゲノムを基盤とした自然および人為的サンゴ集団成立機構の解析
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17K15179
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| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
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Principal Investigator |
座安 佑奈 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (50746691)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 集団遺伝学 / 遺伝的多様性 / 親子判定 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
サンゴの人為的増殖は、世界中の分布域で取り組まれている。しかし養殖サンゴの遺伝的多様性や、放流効果に関する研究、長期的なモニタリング例は少なく、科学的知見に基づいた指針作りが急がれる。
沖縄本島の養殖親集団からの放卵放精も確認されており、周辺海域の幼生供給源になっていることが予測されている。実際に人為的サンゴ群集が幼生供給基地として機能を発揮しているかどうかを調べるために、マイクロサテライトマーカーを用いた親子判定の手法によって、養殖集団と周辺海域のミドリイシ群体の血縁関係の有無を調べることも目的の一つである。
恩納村恩納サンゴ養殖場からミドリイシ5種合計90群体、そして養殖場周辺の４地点の天然のサンゴ礁域に30m四方の方形区をもうけ、その区画内に生息していたミドリイシ５種の枝片を採取し、採取した全ての群体からDNA抽出をした。
当該年度は、産卵時に親群体からの配偶子を集めて人為的に掛け合わせた幼生からDNA抽出を行い、マイクロサテライトマーカーにより遺伝子型を決定し、親子関係が明らかな状況で、既存の親子判定ソフトウェアの中からどれが一番解析に適しているかを検討した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
親と子の関係がわかっているサンプルを用いて、マイクロサテライトマーカーを用いて11座位で各群体の遺伝子型の決定を行い既存のソフトウェア３つを用いて親子判定をしたところ、正答率は一番高いもので76％ほどであり、これでは十分であると言えない。
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| Strategy for Future Research Activity |
親子関係がわからない野生のサンプルで解析をする場合、親子関係が既知のサンプルを用いた場合の親子判定の正答率はより高い状態である必要がある。そのため一塩基多型を用いた別の方法などでの解析を検討している。
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| Causes of Carryover |
予備実験での親子判定正答率が満足に高くなかったため、解析方法を再度検討しているため。次年度使用額を本実験への解析費用に充てる。
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