比較ゲノムを基盤とした自然および人為的サンゴ集団成立機構の解析

2019 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K15179
• Research Institution: Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University
• Principal Investigator: 座安 佑奈 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, 研究員 (50746691)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 集団遺伝学 / 遺伝的多様性 / 親子判定

Outline of Annual Research Achievements

サンゴの人為的増殖は、世界中の分布域で取り組まれている。しかし養殖サンゴの遺伝的多様性や、放流効果に関する研究、長期的なモニタリング例は少なく、科学的知見に基づいた指針作りが急がれる。沖縄本島の養殖親集団からの放卵放精も確認されており、周辺海域の幼生供給源になっていることが予測されている。実際に人為的サンゴ群集が幼生供給基地として機能を発揮しているかどうかを調べるために、養殖集団と周辺海域のミドリイシ群体の血縁関係の有無を調べることも目的の一つである。恩納村恩納サンゴ養殖場からミドリイシ5種合計90群体、そして養殖場周辺の４地点の天然のサンゴ礁域に30m四方の方形区をもうけ、その区画内に生息していたミドリイシ５種の枝片を採取し、採取した全ての群体からDNA抽出をした。
親子判定の手法にはマイクロサテライトマーカーを用いて得られる情報を使用する計画であった。しかし予備的に、親と子の関係がわかっているサンプルを用いて、マイクロサテライトマーカーを用いて11座位で各群体の遺伝子型の決定を行い既存のソフトウェア３つを用いて親子判定をしたところ、正答率は一番高いもので76％ほどであり、これでは十分であると言えなかった。
そのため当該年度は親子判定に使用する情報量を増やすことを目的として次世代シーケンサーを利用してMIG-seq（Multiplexed ISSR genotyping by sequencing）法により、塩基配列を得た。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

予備実験での親子判定正答率が満足に高くなかったため、解析方法を再度検討したため遅れが生じた。

Strategy for Future Research Activity

MIG-seq（Multiplexed ISSR genotyping by sequencing）法を用いて得られた塩基配列からSNP情報を取得し親子判定を行う予定である。

Causes of Carryover

産前産後の休暇、育児休業の取得又は海外における研究滞在等に伴う補助事業期間延長により次年度使用額が生じた。当該年度に得られた塩基配列を元に、次年度は親子判定の解析および論文を執筆する計画である。