2018 Fiscal Year Research-status Report
病理組織形態学に根ざした中枢神経系胚細胞腫の分子病態の探索
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17K15659
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
里見 介史 国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (10633977)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | 脳腫瘍 / 頭蓋内胚細胞腫 / コピー数異常 / DNAメチル化アレイ / FISH |
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度も、国立がん研究センター脳腫瘍連携研究分野と協働して研究活動を行った。当研究室は2012年にiGCT Consortiumを設立して全国的に頭蓋内胚細胞腫検体を収集しており、100例以上のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルが蓄積されている。
既に、HE染色標本を病理組織形態学的に詳細に観察し、頭蓋内胚細胞腫のうち胚腫約100例に対して、浸潤するリンパ球量について基礎的な検討を行い、免疫関連分子の発現状態や臨床情報との比較検討を行った（論文投稿中）。
また、104検体のDNAメチル化マイクロアレイ解析結果(Illumina 450k)に対し、統計解析ソフトであるRを用いてコピー数解析のための独自のパイプラインを構築した。これを利用することで、染色体腕ごとや遺伝子ごとのコピー数解析を行うことができるようになり、既に報告された頭蓋内胚細胞腫瘍のコピー数異常やその他の臓器に発生した胚細胞腫瘍におけるコピー数異常との比較検討を行い、頭蓋内胚細胞腫瘍においてコピー数異常が高頻度に認められる領域と稀にしかみられない領域を同定した。
並行して病理組織学的な解析手法として必須である免疫組織化学およびFISHについて脳組織での最適化を図っており、比較的古いFFPE切片でも安定した解析が可能となっている。当研究室で収集された頭蓋内胚細胞腫の症例コホートから、形態学的に各組織系が明確に分離できる症例で、FFPE切片が保管されている5例を選択し、既に市販されているFISHプローブを用いたコピー数解析を行った。バルク解析と異なり、各組織型ごとに一細胞レベルでのコピー数解析が可能であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
国立がん研究センター脳腫瘍連携研究分野において、2012年に設立されたiGCT Consortiumを通じて収集された頭蓋内胚細胞腫検体、100例以上のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）サンプルを病理組織形態学的に詳細に観察し、組織型ごとに分離可能な症例および対照症例の計5例を選択した。DNAメチル化アレイのデータを用いたコピー数解析パイプラインの構築により、コピー数の解析対象とすべき領域を同定した。FFPEサンプルは一般に分子生物学的解析が困難とされているが、形態学的観察には優れており、免疫組織化学およびFISH試薬の最適化により、一細胞レベルでのコピー数解析が可能となった。
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| Strategy for Future Research Activity |
DNAメチル化マイクロアレイ解析結果(Illumina 450k)の解析パイプラインを改善し、コピー数解析だけでなく、メチル化状態の解析も独自に施行可能とする。また、クラスター解析やGene ontology解析など、各種インフォマティクス解析を併用し、頭蓋内胚細胞腫に特徴的な異常を同定する。同定された結果は、既に購入してある研究試薬等を用いてバリデーション解析するほか、コピー数解析についてはBACクローンから独自にFISHプローブを作成することでバリデーションする。
収集されたデータは、臨床情報や既に得られている分子生物学的データと照らし合わせることで分子病態の解明を目指し、各種学会や論文として報告する。
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| Causes of Carryover |
研究の遂行に必要な各種消耗品の購入は概ね完了したものの、当初の計画よりも多量のデータが得られており、バリデーション解析のためにさらなる消耗品購入が必要となる見込みとなり、助成金の一部を次年度に繰り越した。FISH解析用のプローブないしBACクローンの購入費用にあてる予定としている。また、学会発表のための旅費や論文発表のための英文校閲費用や出版費に充当する。
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