2018 Fiscal Year Research-status Report
DNA解析を用いた混合試料に含まれる有毒植物の網羅的検出法の開発
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17K15886
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| Research Institution | National Research Institute of Police Science |
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Principal Investigator |
吉川 ひとみ 科学警察研究所, 法科学第三部, 主任研究官 (20392269)
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| Project Period (FY) |
2018-02-28 – 2021-03-31
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| Keywords | 有毒植物 / 次世代シークエンス / DNAバーコーディング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、有毒植物（モデル：イヌサフラン、バイケイソウ）及び食用山菜（オオバギボウシ）の混合物について、DNAバーコーディング領域の配列を利用して、混合物に含まれる有毒植物を同定する手法を開発する。そのために、次世代シークエンサーを用いて、含有される植物の配列を解析し、その種を同定する方法を構築する。
本年度は、DNAバーコーディング領域の配列を利用して、次世代シークエンサーによる解析で種の判別を行うための分析方法の開発を行った。文献検索の結果、イルミナの16S メタゲノム解析法を参考に行うこととした。
まず、DNAバーコーディング領域としてrbcLについて2領域、trnL、trnH-psbAについて1領域ずつ、オーバーハング配列を5’末端に持つDNAバーコーディング用プライマーを設計した。4セットのプライマーについてバイケイソウDNAを用いてPCRの条件検討を行ったところ、rbcLの1領域以外、すなわちrbcL、trnL、trnH-psbA各1領域ずつ最適な条件を設定することが可能であった。得られたPCR条件により、バイケイソウ、イヌサフラン及びオオバギボウシのDNAを増幅することが可能か実験した。その結果、3領域全て、3種の植物種ともにPCRで増幅できた。
得られた3種、3領域のPCR産物について、オーバーハング配列を利用してもう一度PCRを行い、index配列を付加した。さらにindex配列を付加したPCR産物についてMiseqを用いて配列解析を行った。その結果、バイケイソウ、イヌサフラン、オオバギボウシ全て当該植物の特異的なDNA配列を確認することが可能であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究一年目に予定していた、有毒植物の識別に有用なDNAバーコーディング領域の選定及び、その配列を利用して混合試料に含まれる有毒植物の種を同定するための予備的な実験を行った。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き混合試料中の有毒植物の検出系の開発を行うとともに、調理残渣、模擬胃内容物の試料を作製し、実際の中毒事案における試料であっても解析可能な条件を選定する。
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| Causes of Carryover |
予定より実験に使用した試薬、消耗品が少なかったため
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