2019 Fiscal Year Annual Research Report
Genetic analysis of pediatric and familial tumors - Development of screening methods
| Project/Area Number |
17K16239
|
|---|
| Research Institution | University of Tsukuba |
|---|
Principal Investigator |
福島 紘子 筑波大学, 医学医療系, 講師 (30624986)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2020-03-31
|
| Keywords | 小児がん / 胚細胞変化 / 遺伝性がん / 予防医学 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
小児がん患者１４６名、家族性腫瘍患者４４名、合計１９０名のターゲットリシーケンスを行った。小児がん患者の診断名の内訳は脳腫瘍３２名、横紋筋肉腫２０名、急性リンパ性白血病２４名、急性骨髄性白血病１１名、神経芽細胞腫１２名、ユーイング肉腫９名、網膜芽細胞腫９名、腎腫瘍７名、悪性リンパ腫４名、胸膜肺芽腫３名、その他１１名、家族性腫瘍患者４４名であった。４４～１３２個のがん関連遺伝子のエクソン領域の同定を行った。シークエンスのmean depthの平均値は２３８であった。患者に認めたバリアントは一部ダイレクトシークエンスやigvなどの可視化ソフトで確認を行った。全患者に同定されたバリアント数の平均値は２７２であった。このうち、患者一人当たりのまれでClinVarでbenign/likely benignとされておらず、まれなバリアント（MAF<0.01）は平均で４９個であった。全体の解析のうち、nonsense variant は１６個、in/delは全体で３５個、splice site variantは１１検出された。また、非同義置換アミノ酸のうち、pathogenic/likely pathogenicと定義されたバリアントは全体で４個検出された。これらのバリアントを一つ以上保有する患者数は４９名であり、全体の２５％であった。がん遺伝子におけるnonsense variant やin/delの胚細胞系列変化における意義付け、非同義置換アミノ酸となる変異の機能解析など、更なる解析を進めていく。日本人における保有頻度の報告は過去になく、今後更なる解析を進めていく。また、当該遺伝子変化が患者の現在の発がんに関与するかどうかは個々の患者の臨床像や今後の知識の蓄積が必要と考えられる。
|
