2018 Fiscal Year Annual Research Report
Mechanism and functional analysis of abnormal activation of antigen presenting cells in inflammatory bowel disease
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17K16546
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
関戸 悠紀 大阪大学, 医学部附属病院, 医員 (00781709)
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| Project Period (FY) |
2017-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | Crohn's disesase / myeloide cell / CD163 / RNA sequencing / CD14 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
１．クローン病および正常ヒト腸管からのCD14+CD163low細胞の分取蓄積
① ヒト腸管サンプル回収処理プロトコルの確立：ヒト腸管手術標本からRNAシークエンスに妥当なcDNAが作成可能なクオリティの細胞分画サンプルが得られることを先行実験で確認の上、最終的にヒトゲノム研究の同意書を取得した上でクローン病3症例からクローン病腸管を、大腸癌4症例から非癌部の腸管を採取した。② CD14+CD163low細胞のsorting：既にわれわれが確立したヒト腸管からの抗原提示細胞分取方法(T Ogino, et al. Gastroenterology 2013)に準じて腸管粘膜固有層の筋層からの剥離、小片化、酵素処理、密度勾配法による分画を行ったのちフローサイトメトリーでLineage(CD19, CD20, CD56)陰性かつHLA-DR陽性のゲートを選択し、さらにCD14、CD1D11c、CD163で展開し目的の分画をsortingした。
２．RNAシークエンスによる網羅的遺伝子発現解析による異常発現遺伝子の同定
① RNAシークエンス：得られた細胞分画サンプルについて大阪大学免疫フロンティア研究センターにおいてHiSeq2500/4000を用いたRNAシークエンスを行い、網羅的遺伝子発現解析を行った。②得られたデータを同研究センターの助言の元バイオインフォマティクス解析を行い、GeneOntology解析によって正常腸管におけるCD14+CD163low分画、CD14-CD11c+分画、CD14-CD11c-分画の3者間の発現パターンの違いを明らかにし、前2者については正常例とクローン病症例での発現変動パターンの違いを明らかにした。
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