Analysis of interregional differences in somatic genetic landscape and prognosis in glioblastoma

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 17K16646
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 梅原 徹 大阪大学, 医学部附属病院, 医員 (20792469)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 神経膠腫 / 遺伝子 / 不均一性 / コピー数異常

Outline of Annual Research Achievements

神経膠腫のサンプリングにおいてNeuro-Navigation Systemを用い、多点で症例ごとに定位サンプリングを行った上、解剖学的位置情報を紐付けたライブラリー の作成を継続している。また部位ごとに腫瘍のゲノム・エピゲノム解析、病理学的検討、ならびに局所再発部位との相関についても検討を重ねた。
個体間のコピー数異常の不均一性や、その予後マーカーとしての意義を検証すべく、200症例以上の本邦の膠芽腫を対象としたコピー数異常解析を行った。日本とThe Cancer Genome Atlas の初発膠芽腫のデータベース（分子遺伝学的背景や臨床情報）を用いて詳細な生存解析を行い、新たな予後不良バイオマーカーであるEGFR, PTEN, CDKN2Aのゲノムコピー数異常を共有する分子プロファイルを見出した。さらにこの特定の分子プロファイルの極端な頻度差が、日本と欧米間で見られる予後格差の主たる説明因子となっていることを突き止めた。本研究成果は学術誌Acta Neuropathologica Communications（18 June 2019）に掲載された。
神経膠腫における時間的不均一性(クローン進化の過程)を明らかとするため、同一腫瘍の初発、再発時の臨床サンプルから得られた分子生物学的プロファイルの比較を検討を進めた。さらに初発再発間で注目すべき差異を呈するペアを抽出して全ゲノムシークエンスやマイクロアレイによる網羅的解析を追加しており、現在学術誌への投稿準備を進めている。

Research Products

• [Journal Article] Distribution differences in prognostic copy number alteration profiles in IDH-wild-type glioblastoma cause survival discrepancies across cohorts (2019)
  • Author(s): Umehara Toru、Arita Hideyuki、Yoshioka Ema、Shofuda Tomoko、Kanematsu Daisuke、Kinoshita Manabu、et al.
  • Journal Title: Acta Neuropathologica Communications Volume: 7 Pages: 131
  • DOI: https://doi.org/10.1186/s40478-019-0749-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 初発IDH野生型膠芽腫におけるNFKBIA欠失の臨床的意義の検討 (2019)
  • Author(s): 梅原徹、有田英之、吉岡絵麻,、正札智子、木下学,、児玉良典、香川尚己、沖田典子、埜中正博、宇田武弘、深井順也、藤田浩二、阪本大輔、森艦二、貴島晴彦、金村米博
  • Organizer: 日本脳神経外科学会第78回学術総会
• [Presentation] 機械学習による画像テクスチャ解析を用いた初発膠芽腫の予後推定 (2019)
  • Author(s): 梅原徹、木下学、佐々木貴浩、有田英之、吉岡絵麻、正札智子、平山龍一、木嶋教行、香川尚己、沖田典子、宇田武弘、深井順也、森艦二、貴島晴彦、金村米博
  • Organizer: 第37回日本脳腫瘍学会学術集会
• [Presentation] Interregional differences in Distribution of Prognostic Copy Number Alterations in IDH-wild-type Glioblastoma (2019)
  • Author(s): Toru Umehara, Hideyuki Arita, Ema Yoshioka, Tomoko Shofuda, Daisuke Kanematsu, Manabu Kinoshita, et al.
  • Organizer: 2019 Congress of Neurological Surgeons Annual Meeting
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A combination of MGMT methylation and NFKBIA copy number alteration refines prognostication of IDH-wt glioblastomas (2019)
  • Author(s): Toru Umehara, Hideyuki Arita, Ema Yoshioka, Tomoko Shofuda, Manabu Kinoshita, Yoshinori Kodama, Naoki Kagawa, Yoshiko Okita, Masahiro Nonaka, Takehiro Uda, Junya Fukai, Daisuke Sakamoto, Kanji Mori, Haruhiko Kishima, Yonehiro Kanemura
  • Organizer: Society for Neuro-Oncology 24th Annual meeting
  • Int'l Joint Research