胆道閉鎖症の発症機序・予後と腸エコシステムの関係の統合オミクス解析による探索

2017 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 17K16999
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 柴田 涼平 千葉大学, 医学部附属病院, 医員 (90748766)
• Project Period (FY): 2017-04-01 – 2020-03-31
• Keywords: 糞便中短鎖脂肪酸 / 16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシング

Outline of Annual Research Achievements

本研究の対象となる患者をリクルートし、胆道閉鎖症の患児から12サンプル、対照群の患児から8サンプルの糞便を回収できた。それぞれの検体に関して-80度での凍結保存の後、糞便中代謝物と細菌DNAを抽出した。糞便中代謝物に関しては質量分析計で短鎖脂肪酸濃度を測定した。細菌DNAに関しては16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシングを施行し、quality checkの後、解析ソフトmothurを用いて細菌のassignmentを行い菌叢解析を行った。臨床情報と糞便中代謝物、菌叢解析の結果を合わせて、中間結果を統計解析している段階である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当施設での対象患者の確保および他施設での共同研究の申請などが遅れ、質量分析や第二世代シーケンシングを行うためのまとまった糞便サンプル数が確保するのに時間がかかり、解析の開始が遅れてしまった。

Strategy for Future Research Activity

引き続き当施設および研究協力施設の間で患者のリクルートを行い、サンプルを回収していく。ある程度のサンプル数が集まったところで再度質量分析と第二世代シーケンシングを行い、サンプル数を追加していく。また中間結果の解析を進め、候補となる代謝物や微生物などが同定できたら、マウス ( 必要に応じて無菌マウス ) に投与してその生体への反応を検証していく。