2018 Fiscal Year Annual Research Report
Development a cloud-based analysis environment that enables bioinformatics analysis for nanopore sequencer in the field
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17K18045
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| Research Institution | Tokyo University of Agriculture |
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Principal Investigator |
志波 優 東京農業大学, 生命科学部, 准教授 (00647753)
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2017-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 微生物ゲノム / バイオインフォマティクス / ナノポアシーケンサー / MinION / Galaxy |
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| Outline of Annual Research Achievements |
最終年度は既存のコマンドライン上で動作する各種解析ツールをGalaxy環境上に実装し、GUI解析環境の構築を行った。VirtualBox上に構築したGalaxy環境では、仮想ディスクの拡張性に制約があることや環境構築が煩雑であったため、新たにコンテナ型環境のDockerをベースにGalaxy環境の構築を行った。Docker版Galaxyのdocker-galaxy-stable (https://github.com/bgruening/docker-galaxy-stable) をベースに、IlluminaとMinION用の各種ツールをGUIで使用できるようにGalaxyに組み込んだ。現時点で使用可能なツールは次のとおりである。リードのQC用にはFastQC, Trimmomatic, NanoPlot, Porechopが、FASTQファイルの操作にはseqtkがそれぞれ利用可能である。メタゲノム解析用にはCentrifugeと可視化ツールのKronaが利用可能である。マッピングにはBWA-MEMが、De novoアセンブルにはUnicyclerとCanuがそれぞれ利用可能である。これらのツールの他にもGalaxy ToolShedに登録されている様々なNGS解析ツールがGalaxy環境に追加インストール可能である。本研究で構築したクラウド型GUI解析環境はDockerイメージとしてDocker Hub (https://hub.docker.com) にイメージ名”youyuh48/pitanano-galaxy”として公開した。本ツールの利用方法はホームページ (https://github.com/youyuh48/pitanano-galaxy)から閲覧可能である。
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