2019 Fiscal Year Annual Research Report
Population genomics of western Pacific abalones
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17K19280
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
平瀬 祥太朗 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2020-03-31
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| Keywords | 大型アワビ類 / 種分化 / 交雑 / 集団動態モデリング / 集団遺伝 / コピー数多型 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
日本沿岸の大型アワビ類は、クロアワビ（クロ）、エゾアワビ（エゾ）、マダカアワビ（マダカ）、メガイアワビ（メガイ）の3種2亜種であり、その中でもエゾとクロ、マダカは非常に近縁な関係である。昨年に行ったゲノムワイドSNP情報を用いた集団ゲノミクス解析の結果、クロ・エゾとマダカ、メガイの間には基本的に生殖隔離が成立しているものの、新潟ではクロからマダカへのゲノム浸透が示唆された。3種が飼育下で交配可能であることも考えると、アワビ類の種分化は遺伝子流動を伴いながら隔離が生じるIsolation with Migration（IM）モデルで説明できる可能性がある。本年は、これまでに得られたSNP情報に基づき、3種の種分化プロセスについての集団動態モデリングによる解析を行うとともに、近年、適応進化の分子基盤として再注目されている遺伝子コピー数の違い（GCNV）が，種間に生じている可能性についても検討した。GRAS-Di法と全ゲノムシーケンスで得られた各種のリード配列を、エゾアワビゲノムにアラインメントすることでSNP情報を取得した。Allele Frequency Spectrum（AFS）解析による集団動態モデリングでは、種間の隔離とクロとマダカ間、クロとメガイ間の遺伝子流動を想定したモデルの尤度が最も高くなり、これら2種がIMのもとで種分化してきたと推定された。さらに、ABBABABA解析では、クロとマダカ間、クロとメガイ間の交雑に加え、マダカとメガイ間の交雑も示唆された。各種の各遺伝子にアラインメントされたリード数（被覆深度）の違いと、ハプロタイプ探索によってGCNVを検出した結果、非常に近縁なクロとマダカ間においてGCNVが生じていることが示唆された。
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