2019 Fiscal Year Annual Research Report
Development of a diagnostic technique for intra-host genetic diversity of norovirus
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17K19784
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
斉藤 繭子 東北大学, 医学系研究科, 准教授 (20598031)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2020-03-31
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| Keywords | ノロウイルス / 遺伝的多様性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成31年（令和1年/2019年）度は、ノロウイルスの遺伝子グループII（GII）のカプシド領域とポリメラーゼ領域双方の遺伝子型の解析が可能であることを確認したプライマーセット4766F/GIISKRを用い、一分子リアルタイムシーケンシング法（MinION, Nanopore）を用いた遺伝子解析を行った。急性胃腸炎症例と無症候感染例を含むフィリピンとペルーでの小児、および都内と宮城県内の急性胃腸炎症例より採集された糞便検体から抽出したRNAを用い、相補的DNAを4766F/GIISKRで増幅し、サンガー法解析で遺伝子型が解析可能であった72検体を用いた。このうち、MinIONを用いたシーケンスに必要な検体濃度が前処理で得られたのは53検体（74％）で、ノロウイルス遺伝子のカプシド領域とポリメラーゼ領域双方の遺伝子型を決定する領域を含んだ断片（630bp）の配列を得ることができた。PCRによる増幅過程を含むことで、定量的PCRで推定されたウイルス濃度が低い検体においても一部ではシーケンシングが可能であった。本法ではIllumina MiSeqやHiSeqでのシーケンシングに代表される次世代シーケンスのサンプル調整における検体遺伝子の細断（150bp～300bp）過程を経ずにターゲットとする領域の解析が可能であり、ノロウイルスやサポウイルスなど感染後のウイルス排出期間が長く、その間に変異しやすいRNAウイルスの遺伝子配列の解析において、非常に類似しているものの同一でないウイルス遺伝子が混在する臨床検体における解析時のマッピングによるエラーを減らすことができると考えられた。
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