2017 Fiscal Year Research-status Report
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17K20032
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩切 淳一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任研究員 (40770160)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2020-03-31
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| Keywords | RNAクロマチン相互作用 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
情報技術を用いて，lncRNA-クロマチンの相互作用を予測するためのシステムを構築するためには， 既知の lncRNA-クロマチンの情報を収集することが非常に重要となる．そこで，本年度はlncRNA-クロマチン相互作用を同定する実験手法である CHART，ChIRP，RAP，dChIRP の次世代シーケンスデータを解析することで，既知の lncRNA-クロマチン相互作用の情報を収集するを行った．この部分に関しては，現在実施しているところであり完了はしていない。
さらに，データとして必要となるlncRNA については，ENCODE 等の国際プロジェクトによって同定されたものを用いるが，最近でも 10 万種類以上の lncRNA が発見 されたとの報告がなされている．lncRNAに関するアノテーションはMiTranscriptome, FANTOM, Gencodeより取得をした．
申請書提出後にいくつかの関連論文が出たため，それらの論文の方法および公開しているデータ等について調査し、今後の研究に必要となるデータの収集および方向性の再検討を行った。
計画書中に記載されている、クロマチン状態の推定に関しては申請者が既に開発済みであるプログラムを、今回の研究に適用するための軽微な修正を行った．修正したプログラムを用いて、最新のエピゲノムデータに対して、クロマチン状態の推定を行い、今後クロマチン相互作用領域の解析の際に利用することを可能とした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
実験データの完全な収集までは至らなかったため
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| Strategy for Future Research Activity |
まずは、既知のRNAクロマチン相互作用の実験データを早急に収集し、詳細に解析を行う
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| Causes of Carryover |
本研究課題に適任の研究補助員が見つからなかったため
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Research Products
(1 results)
