2018 Fiscal Year Research-status Report
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17K20032
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩切 淳一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 特任助教 (40770160)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2020-03-31
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| Keywords | クロマチン / lncRNA / RNA-DNA相互作用 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ヒトなどの高等生物では，メッセンジャーRNAと同数以上のタンパク質に翻訳されない長いRNAである長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）が存在していると考えられている．このlncRNAの一部はクロマチンと相互作用を行いエピジェネティックな制御を行うことが示唆されているが，その詳細については明らかになっていない．本研究では，lncRNAとクロマチン相互作用を情報科学を用いて明らかにすることである．そのために，本年度は下記の研究を行った．
- データ・セットの収集：RNAクロマチン相互作用の実験データ・セットとして，MARGI, iMARGIのデータの収集を行った(Curr Biol. 2017 Feb 20;27(4):602-609.oi: 10.1016/j.cub.2017.01.011)．これらのデータの前処理を行い，モデルの構築に必要な入力データを作成した．入力データの基礎的な統計情報の修得を行った．
- 予測モデルの構築：RNAクロマチン相互作用を網羅的に同定するための実験データを用いて，RNAクロマチン相互作用の予測モデルの構築を行った．さらに構築したモデルを用いて，相互作用に寄与するDNA/RNAの配列特徴の抽出を行った．学習モデルとしては現在はランダムフォレストを用いている．これは，lncRNA-クロマチン相互作用に寄与する，配列や構造の特徴抽出を行いたいためである．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
データセットの精査とモデルの妥当性の検証が未完であるため．
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| Strategy for Future Research Activity |
高精度な予測モデルの構築を行うと同時に，相互作用に必要な特徴量の抽出を行い，その生物学的意義について詳細に検討を行う
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| Causes of Carryover |
RAや研究員として適切な人材を見つけることが出来なかったため．
また，開発仕様がフィックスできる段階までいかなかったため，外部への発注も行わなかったため．
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