2021 Fiscal Year Research-status Report
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17K20032
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| Research Institution | Waseda University |
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Principal Investigator |
浜田 道昭 早稲田大学, 理工学術院, 教授 (00596538)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩切 淳一 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 助教 (40770160)
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| Project Period (FY) |
2017-06-30 – 2023-03-31
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| Keywords | 長鎖ノンコーディングRNA / クロマチン / R-loop / リピート要素 / トランスポゾン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
RNAクロマチン相互作用の予測に関連した以下の研究を行った．
(1) 公共のiMARGI（RNAクロマチン相互作用の網羅的な実験データ）データをデータセットを用いて，６つのセルラインに対するRNAクロマチン相互作用の配列データの解析を行った．特に，細胞種間でのRNAクロマチン相互作用の保存性やRNAクロマチンｎ相互作用に寄与するトランスポゾンの同定などを行った．また，相互作用の予測モデルの構築も行った．
(2) R-loopデータ（RNAとDNAの相互作用の網羅的なデータ）の解析を行った．その結果， 様々な生物種において，R-loop形成に関連する異なる繰り返し要素を見出した．ヒト、ミバエ、シロイヌナズナでは，sattellite, LINE, DNAトランスポゾンがR-ループに特異的に濃縮されていることが確認された．また、R-loopは生物種を超えて，低複雑度あるいは単純な繰り返しの領域に生じる傾向があった．また，R-ループの形成に関わる繰り返し要素は発生段階によって異なることがわかった．例えば、LINEやlong terminal repeat retrotransposon（LTR）はembryosでR-loopを含みやすく、その後、S2細胞で低複雑度かつ単純な繰り返し配列がR-loopを含みやすいことがわかった．結果は以下の論文で発表を行った．
Chao Zeng*, Masahiro Onoguchi, Michiaki Hamada*, Association analysis of repetitive elements and R-loop formation across species, Mobile DNA, 12(3), 2021. doi: 10.1186/s13100-021-00231-5.
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
RNAクロマチンの相互作用に関して２つの観点から研究を行った．特にR-loopに関する研究では，配列特徴が初めて明らかになった．RNAクロマチン相互作用に関するバイオインフォマティクス研究は現時点においても少数であり優位性がある．
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| Strategy for Future Research Activity |
今まで得られている解析結果をもとに，RNAクロマチン相互作用の予測モデルを構築し，さらにそれを用いた応用研究を行う．
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| Causes of Carryover |
適当な人材が見つからなかったため．またコロナの影響で出張が制限されていたため．RAなどの人件費として活用し研究の加速をはかる．
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Research Products
(57 results)
