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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Construction of a platform for analysis of receptor binding by industrial chemicals

Research Project

Project/Area Number 17K20043
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Brown John  京都大学, 医学研究科, 講師 (90583188)

Project Period (FY) 2017-06-30 – 2019-03-31
KeywordsAI / 能動的学習 / 評価統計選択 / 画像化 / 相互作用 / 化学物質
Outline of Annual Research Achievements

昨年度に引き続きCYP450と核内受容体の化学物質との相互作用解析を行った。特に、昨年度に発表した「AI評価方法」(Molecular Informatics 37(1-2):1700127)と能動的学習を融合する新手法の開発に成功した。この方法は、予測対象化合物と受容体データにおける割合の基に、評価に用いる統計(例:「正解率」accuracy)のあらゆる値をわかりやすく画像化した背景に、能動的学習の逐次的な進化を描画する。この可視化により、相互作用AIモデルがどのように予測能力が上がっているかを具体的に説明され、規制機関や医薬品開発者がAIモデルの性質を理解できるようになる。その結果、工場などで排出される化学物質の受容体との相互作用を推定するAIの性質(感性・特異性)が考慮でき、現場での応用を検討できるようになる。
この新手法("active projection")の概要をFuture Medicinal Chemistryに発表した。また、複数の研究会で新手法を紹介した結果、製薬企業から問い合わせが入り、共同研究を開始した。

また、active projectionの応用として、米政府主催の毒性予測コンクールで使用された化学物質を解析して、毒性予測AIモデルの性質を解析した。このデータの「有毒性・無毒性」の割合が極端である(9割無毒性)が、従来型のAIモデル解析では予測能力が高くても、「なぜ高い」のが不明となる。active projectionを用いることにより、AIが初期段階では無毒性化学物質しか識別できなくて、中期段階で有毒性化学物質を識別できるようになる、という時系的な進化が明らかになった。もう一つの応用として、active projectionによる抗癌剤予測AI評価を実施中である。

現在、active projectionを用いる論文2件を用意している。

  • Research Products

    (14 results)

All 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 8 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Massachusetts Institute of Technology(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Massachusetts Institute of Technology
  • [Int'l Joint Research] ETH Zurich(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      ETH Zurich
  • [Journal Article] Adaptive mining and model building of medicinal chemistry data with a multi-metric perspective2018

    • Author(s)
      Brown JB
    • Journal Title

      Future Medicinal Chemistry

      Volume: 10 Pages: 1885~1887

    • DOI

      https://doi.org/10.4155/fmc-2018-0188

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selection of Informative Examples in Chemogenomic Datasets2018

    • Author(s)
      Reker Daniel、Brown J. B.
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 1825 Pages: 369~410

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8639-2_13

    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamic selection of ligand-target pairs toward construction of a minimal-size training set for chemogenomic model building2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      Vertex Pharmaceuticals Molecular Modeling Group Seminar
    • Invited
  • [Presentation] Chemogenomic active learning - new frontiers based on an old concept2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      OpenEye JCUP IX
  • [Presentation] 構造活性相関情報を効率的に選択する能動的学習の医薬品開発応用への最新結果と課題2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      構造活性フォーラム2018
    • Invited
  • [Presentation] Why adaptively-built simple models using small datasets can be sufficient for chemical modeling2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      Chemoinformatics Strasbourg Summer School (CS3)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生命科学と医薬学における人工知能の応用及び人工知能の最新評価方法論2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      岐阜大学情報学研究科 生命情報集中講義
    • Invited
  • [Presentation] Binary classification metric surfaces2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      University of Bonn Open Workshop Computational Chemical Biology and Chemogenomics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Active learning of ligand-target interactions to build minimally complex yet maximally predictive interaction models2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      International Chemical Biology Society Annual Meeting 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Frontiers Unveiled by Active Learning2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      Asian Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Adaptive pattern extraction underpins rethinking the role of big data2018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Organizer
      ETH RETHINK kickoff symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Computational Chemogenomics. Methods in Molecular Biology, vol 18252018

    • Author(s)
      J.B. Brown
    • Total Pages
      452
    • Publisher
      Humana Press
    • ISBN
      978-1-4939-8638-5

URL: 

Published: 2019-12-27  

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