• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2018 Fiscal Year Research-status Report

データ駆動的バイオマテリアル設計ストラテジーの開発

Research Project

Project/Area Number 17K20095
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

林 智広  東京工業大学, 物質理工学院, 准教授 (30401574)

Project Period (FY) 2017-06-30 – 2020-03-31
Keywords生体材料
Outline of Annual Research Achievements

当該年度は人工ニューラルネットワーク(Artificial Neural Network: ANN)を用いて、自己組織化単分子膜(Self-assembled monolayers: SAMs)を構成する分子構造と、巨視的な濡れ性(水の静的な接触角)、タンパク質(fibrinogen)吸着量の相関解析を行った。ここでは分子構造を記述する記述子の設計を行った。また、ANNの学習に関しても複数のアルゴリズムを用いた学習結果を比較する事で、機械学習におけるパラメータ(ハイパーパラメータ)の最適化に成功した。
これらの学習結果を基にSAMsを構成する分子構造から、水の静的接触角、タンパク質吸着を予測可能であると言うことを報告した。
また、最適化されたANNの構造解析を行うことで、水の静的接触角の決定要因としての各構造パラメータ、さらにはタンパク質吸着における物理化学的性質の重要性を定量化することに成功した。本成果は1報の国際誌、5報の技術解説記事として発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初予定していた材料の化学的パラメータ(元素組成、化学構造、分極率、原子数、集積密度、濡れ性など)と細胞接着結果(接着密度、接着面積、接着形状など)の相関解析を行った。それによって単分子膜の化学特性とフィブリノーゲンの吸着量の相関解析、各々の化学特性の重要性の定量化には人工ニューラルネットワークモデル(ANN)による機械学習が有効である事を示した。細胞接着応答(接着密度、接着面積、接着形状)を出力情報として、過去の全約200報の論文データを基に機械学習を行い、相関解析・重要性解析を行ったことから、本研究は順調に進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

人工血管、ステントを想定した高分子・金属材料に応用する。特に血液適合性に重点を置き、機械特性、化学反応性などの特性を同時に発現するような材料設計手法の確立を目指す。過去の文献データを用いて相関解析を行う。これを基に実際に高分子・金属を合成し未知の高血液適合性材料の構築を試みる。
また、解析する細胞応答を増殖、分化に拡張し、再生医療の足場材料開発への本手法の応用を試みる。また、当該年度ではバイオマテリアル分野で従来、経験的に扱われてきた材料の化学特性と細胞応答の相関について、メカニズムの理解と共にその重要性を数値化し、材料設計のために利用可能なデータベースとして一般の材料研究者への公開を試みる。

Causes of Carryover

次年度は他予算との合算により、プローブ顕微鏡の周辺機器を購入する必要があるため、次年度使用額が生じた。

  • Research Products

    (29 results)

All 2018

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 12 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Molecular-scale structures of the surface and hydration shell of bioinert mixed-charged self-assembled monolayers investigated by frequency modulation atomic force microscopy2018

    • Author(s)
      Araki Yuki、Sekine Taito、Chang Ryongsok、Hayashi Tomohiro、Onishi Hiroshi
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 8 Pages: 24660~24664

    • DOI

      10.1039/c8ra03569e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Water near bioinert self-assembled monolayers2018

    • Author(s)
      Chang Ryongsok、Asatyas Syifa、Lkhamsuren Ganchimeg、Hirohara Makoto、Mondarte Evan Angelo Quimada、Suthiwanich Kasinan、Sekine Taito、Hayashi Tomohiro
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 50 Pages: 563~571

    • DOI

      10.1038/s41428-018-0075-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interactions between protein molecules and the virus removal membrane surface: Effects of immunoglobulin G adsorption and conformational changes on filter performance2018

    • Author(s)
      Hamamoto Ryo、Ito Hidemi、Hirohara Makoto、Chang Ryongsok、Hongo-Hirasaki Tomoko、Hayashi Tomohiro
    • Journal Title

      Biotechnology Progress

      Volume: 34 Pages: 379~386

    • DOI

      10.1002/btpr.2586

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Stochastic Binding Process of Blunt-End Stacking of DNA Molecules Observed by Atomic Force Microscopy2018

    • Author(s)
      Sekine Taito、Kanayama Naoki、Ozasa Kazunari、Nyu Takashi、Hayashi Tomohiro、Maeda Mizuo
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 34 Pages: 15078~15083

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.8b02224

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Well-Ordered Domains of 4-Fluorobenzenethiol Self-Assembled Monolayers on Au(111) Guided by a Displacement Reaction2018

    • Author(s)
      Sung Taehyun、Seong Sicheon、Han Seulki、Son Young Ji、Ishida Tomoya、Hayashi Tomohiro、Hara Masahiko、Noh Jaegeun
    • Journal Title

      Journal of Nanoscience and Nanotechnology

      Volume: 18 Pages: 7053~7057

    • DOI

      10.1166/jnn.2018.15501

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of Fuzzy Logic Algorithm to Single-Molecule Force Spectroscopy of the Streptavidin-Biotin System2018

    • Author(s)
      Tahara Hiroyuki、Nyu Takashi、Mondarte Evan Angelo Quimada、Maekawa Tatsuhiro、Hayashi Tomohiro
    • Journal Title

      Advances in Materials Physics and Chemistry

      Volume: 08 Pages: 217~226

    • DOI

      10.4236/ampc.2018.85014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] [談話室] 林研究室の紹介: 研究内容・研究室内コミュニケーションについて2018

    • Author(s)
      林智広
    • Journal Title

      応用物理学会 薄膜・表面物理分科会 News Letter

      Volume: 162 Pages: 40-44

  • [Journal Article] データ駆動的手法を用いたバイオマテリアルの設計-現状と今後の展望2018

    • Author(s)
      田原寛之 林智広
    • Journal Title

      PHARM STAGE

      Volume: 18 Pages: 43-46

  • [Presentation] The Role of Interfacial Water in Bioinertness of Methoxy-Tri(Ethylene Glycol)-Terminated Monolayers Studied by Surface Force and Vibrational Spectroscopy2018

    • Author(s)
      Syifa ASATYAS Taito SEKINE Ryonsok CHANG Tomohiro HAYASHI
    • Organizer
      ChemCYS 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ultrafast monitoring of the streptavidin-biotin bond dynamics2018

    • Author(s)
      Mondarte, E.A. Maekawa, T. Nyu, T. Tahara, H Hayashi, T.
    • Organizer
      19th International Microscopy Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A Closer Look to Streptavidin-biotin Intermolecular Dynamics Directly Probed via Atomic Force Microscopy2018

    • Author(s)
      Evan Angelo Quimada Mondarte Tatsuhiro Maekawa Takashi Nyu Tomohiro Hayashi
    • Organizer
      CEMSupra 2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detection of intermediate transient states of the streptavidin-biotin bond by atomic force microscopy2018

    • Author(s)
      Evan Angelo Q. Mondarte Hiroyuki Tahara Takashi Nyu Tatsuhiro Maekawa Tomohiro Hayashi1
    • Organizer
      第79回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] Single-molecule and real-time measurements of Streptavidin-biotin bond by atomic force microscopy2018

    • Author(s)
      Hiroyuki Tahara Evan Angelo Quimada Mondarte Takashi Nyu Tatsuhiro Maekawa Tomohiro Hayashi
    • Organizer
      10th International Symposium on Organic Molecular Electronics (ISOME)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 双性イオン型ヘプチド単分子膜の抗付着性メカニズムに関する研究2018

    • Author(s)
      張嶺碩 林智広
    • Organizer
      ナノバイオ界面制御技術による機能性材料創成研究会
  • [Presentation] 生体分子で作る生体分子を吸着させない表面2018

    • Author(s)
      張嶺碩 関根泰斗 柏崎亜樹 Syifa Asatyas Ganchimeg Lkhamsuren 村上大樹 田中賢 林智広
    • Organizer
      日本表面真空学会 関東支部講演会
  • [Presentation] Toward a Data-Driven Strategy for Designs of Biomaterials2018

    • Author(s)
      Tomohiro Hayashi
    • Organizer
      31st International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC 2018)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Interfacial water endowing materials with bioinertness2018

    • Author(s)
      Tomohiro Hayashi
    • Organizer
      The 3rd Aquaphotomics International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 表面科学的手法を用いた階層的バイオ界面の解析2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      日本学術振興会 ナノプローブテクノロジー第167委員会第88回研究会
    • Invited
  • [Presentation] 生体適合性材料の界面プロセスのイメージ化とデータ科学を用いた材料設計2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      日本顕微鏡学会74回学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 中間水によって引き起こされる界面相互作用2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      鶴田・赤池フォーラム「バイオ界面における水分子の役割の理解と制御」
    • Invited
  • [Presentation] バイオ界面における分子プロセス: 抗付着性のメカニズムの解明からデータ科学を利用した材料設計へ2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      神奈川R&D推進協議会 研究会
    • Invited
  • [Presentation] 実験と情報科学を融合させた生体材料設計2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      帝人分析フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子が引き起こす特異的相互作用と抗付着性2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      日本学術振興会第174委員会
    • Invited
  • [Presentation] 抗生体分子吸着・抗細胞接着性を発現する界面分子プロセスの解析2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      第65回繊維応用技術研究会
    • Invited
  • [Presentation] バイオデバイス・バイオ材料の表面設計~プローブ顕微鏡を用いた解析からデータ科学を利用した材料設計へ2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      日本顕微鏡学会走査型プローブ顕微鏡分科会
    • Invited
  • [Presentation] バイオマテリアル(生体材料)表面の評価・解析と材料設計~生体適合性評価・マテリアルズインフォマティクス活用等~2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      情報機構セミナー
    • Invited
  • [Presentation] 生体親和性材料表面のプローブ顕微鏡による局所水和構造観察2018

    • Author(s)
      林智広
    • Organizer
      ナノバイオ界面制御技術による機能性材料創成研究会
    • Invited
  • [Book] 「マテリアルズ・インフォマティクス」の1節 「マテリアルズインフォマティクスによる生体材料表面設計」2018

    • Author(s)
      田原寛之 Rudolf Jason Kwaria 林智広
    • Total Pages
      237
    • Publisher
      技術情報協会
    • ISBN
      978-4-86502-147-9
  • [Book] マテリアルズ・インフォマティクス~データ科学と計算・実験の融合による材料開発~ 第8節 「マテリアルズ・インフォマティクスを用いたバイオマテリアルの設計の現状と今後の展開2018

    • Author(s)
      田原寛之 Rudolf Jason Kwaria 林智広
    • Total Pages
      237
    • Publisher
      情報機構
    • ISBN
      978-4-86502-147-9

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi