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2019 Fiscal Year Research-status Report

光受容体タンパク質が自発的に作る2次元秩序構造についての構成的研究

Research Project

Project/Area Number 17KT0024
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

森垣 憲一  神戸大学, バイオシグナル総合研究センター, 准教授 (10358179)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 文夫  神戸大学, 理学研究科, 名誉教授 (80093524)
山下 隼人  大阪大学, 基礎工学研究科, 助教 (10595440)
粟津 暁紀  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (00448234)
Project Period (FY) 2017-07-18 – 2021-03-31
Keywords生体膜 / ロドプシン / オリゴマー / 人工膜 / 高速AFM / ラフト
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、円板膜における2次元秩序構造を人工膜に再構成して形成原理と機能を構成的に解析する。これまでの研究から、ラフト領域(秩序液晶相:lo相)と非ラフト領域(無秩序液晶相:ld相)をパターン化した人工膜を開発し、Rhの脂質ラフトへの親和性をlo/ ld相への分配から定量的に評価することに成功した。この技術を発展させ、ラフト領域の脂質組成やRh濃度を調節することで、人工膜にRh超分子クラスターなどの2次元秩序構造を再構成する。2019年度には、①パターン化人工膜作製、②パターン化人工膜への膜タンパク質再構成、③Rh超分子クラスターの形成、④膜内分子分布・凝集状態や機能をシミュレートする数理モデルを構築、に関する研究を行った。①パターン化人工膜作製では、ガラス基板に流動性脂質膜(100%生体脂質)と部分重合膜(生体脂質とポリマー脂質の混合膜)を持つパターン化膜を作製し、ラフト領域(lo相)および非ラフト領域(ld相)とを定量的に分配したラフトモデル人工膜を作製した。
②パターン化人工膜への膜タンパク質再構成では、パターン化人工膜に、ロドプシン光受容体(Rh)をより高効率で導入することを目的として、円板膜ベシクルを用いた導入、円板膜を界面活性剤で一部可溶化させ、ロドプシン凝集体を安定化させる手法の検討などを行った。③Rh超分子クラスターの形成は、円板膜より再構成した膜を高速AFMで観察し、完全暗黒下でRhクラスター、Gt、Rh-Gt複合体の観察に成功した。④数理モデルの構築では、粗視化モデルでRhとラフト脂質、非ラフト脂質の挙動を再現してロドプシン周辺のロドプシン、ラフト脂質の数を定量し、クラスター形成を評価した。以上の研究成果により、円板膜におけるロドプシン光受容体の2次元秩序構造が光シグナル伝達に果たす役割について重要な知見を得ることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究は、円板膜における2次元秩序構造を人工膜に再構成して形成原理と機能を構成的に解析する。2019年度には、①パターン化人工膜作製、②パターン化人工膜への膜タンパク質再構成、③Rh超分子クラスターの形成、④膜内分子分布・凝集状態や機能をシミュレートする数理モデルを構築、に関する基盤技術の開発を行うことができた。①パターン化人工膜の作製では、ラフト領域(lo相)および非ラフト領域(ld相)とを定量的に分配したラフトモデル人工膜を作製して、光シグナル伝達に関わる分子群のラフト親和性を定量した。②パターン化人工膜への膜タンパク質再構成では、パターン化人工膜に、ロドプシン光受容体(Rh)をより高効率で導入することを目的として、円板膜ベシクルを用いた導入、円板膜を界面活性剤で一部可溶化させ、ロドプシン凝集体を安定化させる手法の検討などを行った。③Rh超分子クラスターの形成では、Rhクラスター、Gt、Rh-Gt複合体を完全暗黒下で高速AFMで観察することに成功し、Rhクラスターに対するGtの結合をリアルタイムで観察した。④膜内分子分布・凝集状態や機能をシミュレートする数理モデルを構築では、粗視化モデルでRhとラフト脂質、非ラフト脂質の挙動を再現し、ロドプシン周辺のロドプシン、ラフト脂質の数を定量してクラスター形成を評価した。以上の結果は、視細胞円板膜の2次元秩序を人工膜に再構成し、1分子蛍光観察、高速AFM、および粗視化分子動力学シミュレーションで詳細に解析することで、自発的秩序形成メカニズムと機能的役割を分子レベルで理解するための重要な基盤となる。粗視化分子動力学シミュレーションの結果については、論文を発表した。今後、1分子蛍光観察および高速AFMの結果について解析を進め論文発表を目指す。

Strategy for Future Research Activity

これまでの人工膜、1分子蛍光観察、高速AFM、および粗視化分子動力学シミュレーションによる検討より、視細胞円板膜の自発的秩序形成メカニズムと機能的役割を分子レベルで理解するための重要な知見を得てきた。粗視化分子動力学シミュレーションの結果については、これまでの結果をまとめて論文を発表した。2020年度には、1年間研究期間を延長して、1分子蛍光観察および高速AFMの結果について解析を進め論文発表を目指す。具体的には、円板膜ベシクル、円板膜を界面活性剤で一部可溶化させた状態などを活用して、ロドプシンを高密度で再構成し、また、凝集体を安定化させる手法を検討する。そして、これまでの検討で確立している1分子蛍光観察、および完全暗黒下での高速AFM観察技術を利用して、Rhクラスター、Gt、Rh-Gt複合体の膜内での動きやRhクラスターに対するGtの結合をリアルタイムで観察しその動態を詳細に解析する。以上の検討を通じて、2次元秩序構造の形成原理と機能を構成的に理解することをめざす。

Causes of Carryover

これまでの人工膜、1分子蛍光観察、高速AFM、および粗視化分子動力学シミュレーションによる検討より、視細胞円板膜の自発的秩序形成メカニズムと機能的役割を分子レベルで理解するための重要な知見を得てきた。粗視化分子動力学シミュレーションの結果については、これまでの結果をまとめて論文を発表した。2020年度には、1年間研究期間を延長して、1分子蛍光観察および高速AFMの結果について解析を進め論文発表を目指す。使用計画としては、追加検討のための試料購入、顕微鏡光学系の追加整備、論文投稿料などを予定している。

  • Research Products

    (34 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 4 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Weill Cornell Medicine(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Weill Cornell Medicine
  • [Journal Article] Affinity of rhodopsin to raft enables the aligned oligomer formation from dimers: Coarse-grained molecular dynamics simulation of disk membranes2020

    • Author(s)
      Kaneshige Y, Hayashi F, Morigaki K, Tanimoto Y, Yamashita H, Fuji M, Awazu A.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 15 Pages: e0226123

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0226123

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Flexure Structural Scanner of Tip Scan Type for High-speed Scanning Tunneling Microscopy2020

    • Author(s)
      H. Yamashita, N. Handa, Y. Higashiura, M. Abe
    • Journal Title

      e-Journal of Surface Science and Nanotechnology

      Volume: 18 Pages: 146-151

    • DOI

      10.1380/ejssnt.2020.146

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Simple Particle Model for Low-Density Granular Flow Interacting with Ambient Fluid2020

    • Author(s)
      Hirofumi Niiya, Akinori Awazu, Hiraku Nishimori
    • Journal Title

      Geosciences

      Volume: 10 Pages: 69

    • DOI

      10.3390/geosciences10020069

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Alteration of membrane physicochemical properties by two factors for membrane protein integration2019

    • Author(s)
      Nomura K, Yamaguchi T, Mori S, Fujikawa K, Nishiyama K, Shimanouchi T, Tanimoto Y, Morigaki K, Shimamoto K.
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 117 Pages: 99-110

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.05.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Raftophilic rhodopsin clusters offer stochastic platforms for G protein signalling in retinal discs2019

    • Author(s)
      Hayashi F, Saito N, Tanimoto Y, Okada K, Morigaki K, Seno K, Maekawa S.
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 2 Pages: 209

    • DOI

      10.1038/s42003-019-0459-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] パターン化人工膜を用いた生体膜機能の解析2019

    • Author(s)
      森垣憲一
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 59 Pages: 188-191

    • DOI

      10.2142/biophys.59.188

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Self-spreading of phospholipid bilayer in a patterned framework of polymeric bilayer2019

    • Author(s)
      Tamura F,Tanimoto Y, Nagai R, Hayashi F, Morigaki K.
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 35 Pages: 14696-14703

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.9b02685

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhancement of cell differentiation on a surface potential-controlled nitrogen-doped TiO2 surface2019

    • Author(s)
      M. Hashimoto, S. Kitaoka, M. Furuya, H. Kanetaka, K. Hoshikaya, H. Yamashita, and M. Abe
    • Journal Title

      Journal of the Ceramic Society of Japan

      Volume: 127 Pages: 636-641

    • DOI

      10.2109/jcersj2.19114

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Surface structure switching between (1 × 1) and (1 × 2) of rutile TiO2(110) with scanning tunneling microscopy and low energy electron diffraction2019

    • Author(s)
      S. Ojima, D. Katsube, H. Yamashita, Y. Miyato, S. Abo, and M. Abe
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 58 Pages: SIIA10

    • DOI

      10.7567/1347-4065/ab19a3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 高速原子間力顕微鏡によるバクテリア細胞表面の高解像イメージング2019

    • Author(s)
      山下隼人
    • Journal Title

      顕微鏡

      Volume: 54 Pages: 62-66

    • DOI

      10.11410/kenbikyo.54.2_62

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Histone Tail Dynamics in Partially Disassembled Nucleosomes During Chromatin Remodeling2019

    • Author(s)
      Takeru Kameda, Akinori Awazu, Yuichi Togashi
    • Journal Title

      Front. Mol. Biosci.

      Volume: 6 Pages: 133

    • DOI

      10.3389/fmolb.2019.00133

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment of knockout adult sea urchins by using a CRISPR‐Cas9 system2019

    • Author(s)
      Daming Liu, Akinori Awazu, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Naoaki Sakamoto
    • Journal Title

      Development Growth and Regeneration

      Volume: 61 Pages: 378-388

    • DOI

      10.1111/dgd.12624

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Hybrid photosynthetic system of natural plant thylakoids and synthetic lipids reconstituted into a supported microscale membrane array2020

    • Author(s)
      Kenichi Morigaki, Fuyuko Tamura, Yasushi Tanimoto, Rurika Nagai, Misato Yamada, Fumio Hayashi
    • Organizer
      ACS National meeting & Expo
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] パターン化人工膜への膜タンパク質の再構成2020

    • Author(s)
      永井るりか、谷本泰士、笠井倫志、鈴木健一、林 文夫、森垣憲一
    • Organizer
      光・量子デバイス研究会
  • [Presentation] Patterned model biological membrane on the solid substrate: Potentials for biophysical studies and biomedical applications2019

    • Author(s)
      Kenichi Morigaki
    • Organizer
      Okinawa Colloids 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Micropatterned model biological membrane: Potentials for biophysical studies and biomedical applications2019

    • Author(s)
      Kenichi Morigaki
    • Organizer
      MNP Reserch Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Micropatterned model biological membrane: Potentials for biophysical studies and biomedical applications2019

    • Author(s)
      Kenichi Morigaki
    • Organizer
      Bio-Nano-Summer school 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ガラス基板表面におけるチラコイド膜の再構成と光合成機能解析2019

    • Author(s)
      米田 卓郎、谷本 泰士、高木 大輔、森垣 憲一
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 網膜桿体細胞内円盤膜上での脂質-光受容タンパク質秩序形成の数理モデル2019

    • Author(s)
      金重 先人、谷本 泰士、西森 拓、森垣 憲一、林 文夫、粟津 暁紀
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] インクジェット塗布を用いたパターン化人工生体膜の開発2019

    • Author(s)
      谷本 泰士、山田 美紗登、林 文夫、森垣 憲一
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ロドプシンクラスター上におけるトランスデューシンの動的過程の高速AFM観察2019

    • Author(s)
      干鰯谷 和彦、谷本 泰士、山下 隼人、森垣 憲一、林 文夫、阿部 真之
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] リン酸化ロドプシン・アレスチン複合体は視細胞円板膜切れ込み部に集まる2019

    • Author(s)
      林 文夫、杭田 扶子、 森垣 憲一、 妹尾 圭司
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 細胞膜断片ブレブを用いたモデル生体膜への膜タンパク質再構成2019

    • Author(s)
      永井るりか、谷本泰士、笠井倫志、鈴木健一、林 文夫、森垣憲一
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] パターン化モデル膜を用いたロドプシンリン酸化とアレスチン結合の解析2019

    • Author(s)
      杭田 芙子、谷本 泰士、林 文夫、森垣 憲一
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Reconstitution of a photosynthetic system into a two-dimensional patterned model membrane2019

    • Author(s)
      TakuroYoneda, Yasushi Tanimoto, Daisuke Takagi, Kenichi Morigaki
    • Organizer
      日米二国間セミナー
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] パターン化人工生体膜を用いた光合成機能評価技術の開発2019

    • Author(s)
      米田 卓郎、谷本 泰士、高木 大輔、森垣 憲一
    • Organizer
      第10回日本光合成学会年会
  • [Presentation] 高速AFMによる細菌生細胞膜分子の高解像動態イメージング2019

    • Author(s)
      山下隼人
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第62回シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Instrumental development of the scanner for high-speed scanning tunneling microscopy2019

    • Author(s)
      H. Yamashita, N. Handa, Y. Higashiura, M. Abe
    • Organizer
      12th International Symposium on Atomic Level Characterizations for New Materials and Devices
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光信号伝達におけるロドプシンクラスター上でのトランスデューシン動態過程の高速AFM観察2019

    • Author(s)
      山下隼人、干鰯谷和彦、谷本泰士、森垣憲一、林文夫、阿部真之
    • Organizer
      生体エネルギー研究会第45回討論会
  • [Presentation] Single molecular dynamics imaging of DNA binding photoreceptor protein, Photozipper, by high-speed AFM2019

    • Author(s)
      K. Nomura, H. Yamashita, O. Hisatomi, M. Abe,
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] ロドプシンクラスター上におけるトランスデューシン動態プロセスの高速AFM観察2019

    • Author(s)
      干鰯谷和彦、谷本泰士、山下隼人、林文夫、森垣憲一、阿部真之
    • Organizer
      研究会「理論と実験」2019
  • [Presentation] Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences Without Chromatin Loop Form2019

    • Author(s)
      Akinori Awazu
    • Organizer
      The 57th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan
    • Invited
  • [Remarks] 神戸大学 森垣研究室

    • URL

      http://www2.kobe-u.ac.jp/~morigaki/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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