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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Search for transition structures of molecules, their aggregates, and crystals

Research Project

Project/Area Number 17KT0100
Research InstitutionWakayama University

Principal Investigator

山門 英雄  和歌山大学, システム工学部, 准教授 (30242035)

Project Period (FY) 2017-07-18 – 2020-03-31
Keywords結晶構造予測 / RNM法 / シリコン / 充填率 / 窒化ホウ素 / 分子構造予測 / 離散原子指定法 / グリシン
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、分子やその会合体、および周期的境界条件を満たす結晶について、平衡構造(EQ)とその間の遷移構造(TS)の探索を計算化学的手法を用いて行いその性質を検討すること、及び結晶構造に関する実験を行うことを目的としている。まず初年度(平成29年度)に当初計画に沿って多コア(36コア)の計算機を導入し、量子化学計算を実行し1件の論文投稿(新規結晶作成)と4件の学会発表を行ったのに続き、平成30年度(2018年度)には研究室内でのCPU利用が逼迫してきたため多コア(22コア)の計算機を他予算(通常研究費)と合算して追加購入し、1件の論文投稿(プリズムカーボンチューブのEQとTSを求めその安定性を議論)と12件の学会発表(うち1件は国際学会(新規CNハイブリッド構造についてのIQCQでの発表))を行った。その中には、結晶の「充填率」に着目した基本的結晶構造探索についての提案(SRPS2018、P9)も含まれている。
令和元年度(平成31年度/2019年度)には、投稿論文を3報(Si結晶にRNM近似を用いた構造予測、BN結晶構造をエネルギーに充填率を掛けた目的関数について超球面探索法で探索した研究、及びアセチレンの反応に関する研究)出版している他、本研究プロセスの中で、新たな着想(「離散原子指定法」/PDrCA法)を得るに至り、アラニンの脱水縮合体、及びシニョリンについての計算なども試みている。(グリシンについての計算結果の投稿が先日新たにアクセプトされた。)学会発表は本年度には11件(うち2件は国際学会(Siの2次元結晶についての発表、及び離散原子指定法に基づくアラニンの脱水縮合体の異性体探索についてのAPATCC-2019でのInvited Communication))を行っている。なお本研究により得られた研究成果の中には未投稿のものもあり、今後の追加投稿を予定している。

Remarks

上記ページに掲載されている研究成果は、本人が入力した研究成果であり記載ミスが含まれている可能性有り。また、個別の業績(あるいは業績全体)について本人が「対外的に公開しない」というチェックを付けることも可能であり、必ずしも全ての業績が掲載されているという保証はなく、また記入時期の遅延などもありえます。

  • Research Products

    (16 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Searching the crystal structure of silicon using the generalized scaled hypersphere search method with the rapid nuclear motion approximation2020

    • Author(s)
      Midoro Yuuki、Kodaya Yoshitomo、Yamakado Hideo、Ohno Koichi
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 59 Pages: 035503~035503

    • DOI

      10.35848/1347-4065/ab7723

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformation Search of Glycine by Applying the Scaled Hypersphere Search Method to Discrete Atoms in the Molecule2020

    • Author(s)
      Midoro Yuuki、Kodaya Yoshitomo、Oki Takuto、Mukai Akira、Yamakado Hideo、Ohno Koichi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 49 Pages: -

    • DOI

      10.1246/cl.200239

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure Exploration of Boron Nitride Polymorphs Using Anharmonic Downward Distortion Following Method with Potential Energy Surface Modified by the Inverse of Lattice Volume2019

    • Author(s)
      Kodaya Yoshitomo、Oki Takuto、Yamakado Hideo、Tokoyama Hiroaki、Ohno Koichi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 48 Pages: 1288~1291

    • DOI

      10.1246/cl.190520

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantum Chemical Exploration of Intermolecular Reactions of Acetylene2019

    • Author(s)
      Ohno Koichi、Oki Takuto、Yamakado Hideo
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 41 Pages: 687~697

    • DOI

      10.1002/jcc.26120

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 離散原子に超球面探索法を適用したグリシンとペプチド類の構造探索2020

    • Author(s)
      ○箕土路 祐希・高田谷 吉智・沖 卓人・向井 徳・山門 英雄・大野 公一
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会(2020) (1E2-36)
  • [Presentation] 充填率関数を用いたADDF法による結晶構造候補の探索2020

    • Author(s)
      ○沖 卓人・高田谷 吉智・箕土路 祐希・山門 英雄
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会(2020) (2PC-165)
  • [Presentation] 近似包絡面を絞ることによる原子配列候補の探索2019

    • Author(s)
      〇山門 英雄, 沖 卓人, 箕土路 祐希, 高田谷 吉智
    • Organizer
      第22回理論化学討論会 (P2)
  • [Presentation] RNM 近似を用いた充填率関数による結晶構造候補の探索2019

    • Author(s)
      〇沖 卓人, 箕土路 祐希, 高田谷 吉智, 山門 英雄, 大野 公一
    • Organizer
      第22回理論化学討論会 (P2)
  • [Presentation] 分子集団の構造と反応の探索:アセチレン分子集合体2019

    • Author(s)
      ○大野 公一,沖 卓人,山門 英雄
    • Organizer
      第22回理論化学討論会 (3L01)
  • [Presentation] Structure search of two-dimensional silicon using the generalized scaled hypersphere search method with the rapid nuclear motion approximation2019

    • Author(s)
      Midoro Yuuki, Kodaya Yoshitomo, Yamakado Hideo, Ohno Koichi
    • Organizer
      35th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics (2P5)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] エネルギー値に充填率を掛けての窒化ホウ素結晶多形の構造探索2019

    • Author(s)
      高田谷吉智、沖卓人、〇山門英雄、時子山宏明、大野公一
    • Organizer
      反応経路探索シンポジウム(SRPS2019) (P09)
  • [Presentation] μ-ADDF法を用いた離散原子指定による独立変数数削減法でのアラニン三量体の立体構造探索2019

    • Author(s)
      〇高田谷吉智、沖卓人、箕土路祐希、山門英雄
    • Organizer
      反応経路探索シンポジウム(SRPS2019) (P21)
  • [Presentation] 一般化超球面探索法を用いた窒化ホウ素結晶の構造探索2019

    • Author(s)
      〇高田谷吉智、沖卓人、山門英雄、時子山宏明、大野公一
    • Organizer
      分子科学討論会2019 (3P116)
  • [Presentation] 離散原子指定による分子独立変数数削減の試み2019

    • Author(s)
      〇山門英雄、高田谷吉智、箕土路祐希、沖卓人
    • Organizer
      分子科学討論会2019 (4P099)
  • [Presentation] Search for Conformers Using the Number of Molecular Independent Variables Reduction Method by Specifying Discrete Atoms2019

    • Author(s)
      Hideo Yamakado, Yoshitomo Kodaya, Yuuki Midoro, Takuto Oki, Hiroaki Tokoyama
    • Organizer
      APATCC 2019 (IL05)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 和歌山大学 研究者総覧 研究関連情報

    • URL

      http://wakarid.center.wakayama-u.ac.jp/ProfileRefRes_2292.html

URL: 

Published: 2021-01-27  

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