2007 Fiscal Year Annual Research Report
グラフィカルモデルに基づく相互作用推定法の開発と適用
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18016008
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
堀本 勝久 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 独立行政法人産業技術総合研究所・生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (40238803)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤 博幸 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (70192656)
油谷 幸代 産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 研究員 (10361627)
吉田 寛 九州大学, 大学院・数理学研究院, 特任准教授 (60401262)
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| Keywords | ゲノム / ネットワーク / グラフィカル・モデル / 遺伝子制御 / タンパク質相互作用 |
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| Research Abstract |
研究実績は,以下の通りである。
[1]グラフィカル連鎖モデルに基づく時系列発現データ解析法の確立
[2]Path Consistency(PC)アルゴリズムに基づく遺伝子制御ネットワーク解析法の確立
[3]PC アルゴリズムに基づくSNP解析法の開発
[4]PC アルゴリズムに基づくタンパク質相互作用領域推定法の開発
[5]推定ネットワーク構造に連携した動態解析法の開発
[1]については,既に予備的な研究を発展させ,進展性の疾患からの発現プロファイルへの適用により最終的な手法を確立した。[2]についても,既に解析手法の基礎部分の実装に基づき,既知の制御ネットワークに関する計測データにより最終的な手法の確立を行った。[3]では,カテゴリーデータに適用可能なPC アルゴリズムに基づき,SNPデータの解析に特化した手法を開発した。[4]では,既に進化系統樹に基づくタンパク質相互作用推定法に基づき,タンパク質自体の特性を示すデータに基づく推定法を開発した。また,[1]と[2]での実数データに関するPC アルゴリズムと[3]でのカテゴリーデータ用アルゴリズムを用いて,既知のデータを利用して相互作用領域のための採用する特性を選定した。[5]これまで開発したマクロな関連を推定するトップダウンの推定法と,本研究で集中的に開発するミクロな関連を推定するボトムアップ推定法を統合し,マクロとミクロな立場からの関連を実行及び照応可能なシステムを構築した。
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