2007 Fiscal Year Annual Research Report
ホヤゲノムから転写される翻訳されない機能性RNAの解析
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18016022
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| Research Institution | The University of Tokushima |
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Principal Investigator |
真壁 和裕 The University of Tokushima, 総合科学部, 教授 (60222288)
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| Keywords | ホヤ / miRNA / ncRNA / ESTデータベース / 翻訳制御 |
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| Research Abstract |
まず、我々が構築してきたマボヤのESTデータベースMAGESTを根本から改良し、受精卵EST約54,000配列に加えて卵割期EST約14,000配列・原腸胚EST約25,000配列・神経胚EST約8,000配列を載せたMAGEST2.0βを構築した。これによって、コンティグ約11,000とシングレット約6,000の合計約17,000配列が得られ、変態期までの必要なデータがほぼ入手できた。そこでここから各種データベースに対してexonerateによるサーチをかけ、高い閾値でヒットした約10,000の配列を除去した。残った約7,000の配列をJGIのCionaプロテインver.1&2に対してblastxによるサーチをかけ、低い閾値でヒットした約400の配列を除去し、残った約6,600の配列からCionaゲノムに相同配列がないと思われるものを除去して、最後にマボヤミトコンドリアゲノム由来の配列を除去し、22の配列を得た。このなかには、これまで解析の対象となってこなかったORFをもたないpoly(A)RNA、(RNA-likeなnon-coding RNA)が含まれると期待される。
一方、実際の細胞から短いRNAたけを選択的に抽出するプロトコールを確立し、約40nt以下のRNAを精製した。これらをコンカテマイズしてクローニングしたところ、そのうち29ntのものがマボヤのさまざまなmRNAに100%マッチすることを見いだした。しかも相同性のあったmRNAはコードするタンパク質その他には何も共通性がなかった一方で、ほぼすべて原腸胚期に発現するという点で一致していた。このことから、小分子RNAによる新奇の遺伝子発現制御機構があることが考えられる。
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