2006 Fiscal Year Annual Research Report
ミヤコグサとのシンテニーを利用したダイズのゲノム構造の解析
| Project/Area Number |
18017004
|
|---|
| Research Institution | Chiba University |
|---|
Principal Investigator |
原田 久也 千葉大学, 園芸学部, 特命教授 (70011913)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
佐藤 修正 かずさDNA研究所, 植物遺伝子研究部, 研究員 (70370921)
|
|---|
| Keywords | ダイズ / ミヤコグサ / ゲノム / 連鎖地図 / 連鎖群 / シンテニー / シンテニーブロック / 比較地図 |
|---|
| Research Abstract |
ミスズダイズと秣食豆公503を両親とする組換え近交系を用いて、RFLPマーカー179、SSRマーカー151、AFLPマーカー36、完全長cDNAに基づくマーカー48、その他のマーカー19、合計433マーカーから成るダイズ連鎖地図が得られた。また小糸在来と船場-3に由来する組換え近交系を用いて主にSSRマーカーから成る382マーカーの地図も作製した。完全長cDNAクローンと共生関連遺伝子は前者の地図上に、代謝関連酵素遺伝子と種子特異的制御因子のホモログは後者の地図上に位置づけられた。これらの遺伝子は完全長cDNAライブラリーの塩基配列情報、ESTデータベースを基に特異的なプライマーを設計して、増幅産物の多型を主にSSCP法により解析することによりマーカー化を行った、共生関連遺伝子3、完全長cDNA48、代謝関連酵素遺伝子7、種子特異的転写制御因子ホモログ6の位置情報が得られた。一方ミヤコグサの連鎖地図では、SSRマーカーより位置づけられた815、dCAPSマーカーにより位置づけられたクローン80に、これらのクローンとのオーバーラップを確認することにより位置づけられたクローン695を加えて合計1590クローンが位置づけられた。主にダイズ連鎖地図上のマーカーに対するミヤコグサオルソログの位置を同定することにより、286の共通マーカーの位置を決定した。この情報に基づき、ダイズとミヤコグサの比較地図を作製した。その結果ミヤコグサに対するダイズのシンテニーブロックは短く切断されていて、倍数体から大きなゲノム再編成により二倍体化されたことが示唆された。比較的長いシンテニーブロックが連鎖群1とL、3とH、4とA1の間に見られた。またダイズの連鎖群A1とK、B1とB2、C1とC2、D1aとD1b、GとC1、LとGの間に重複している領域が存在することがわかった。ダイズで位置づけられた共生関連のオルソログはすべてミヤコグサの対応する遺伝子が存在するシンテニーブロックに含まれていた。
|
