2006 Fiscal Year Annual Research Report
全長cDNAライブラリを用いたアピコンプレクサ原虫の比較ゲノム研究
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18017008
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
渡邊 純一 東京大学, 医科学研究所, 助手 (20201189)
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| Keywords | 全長cDNA / アピコンプラクサ / マラリア / 比較ゲノム |
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| Research Abstract |
比較ゲノム研究では、対象の選択がきわめて重要である。マラリア原虫に代表されるアピコンプレクサ門原虫は、すべて寄生性の原虫で、医学・獣医学的重要性のために、早くからゲノム研究が進んでいる。本門の原虫は、寄生に成功した共通の祖先から分化し、しだいに宿主域を広げていったものと考えられる。我々は10年前から全長cDNAライブラリを用いて本原虫の発現遺伝子の解析を行って来た。
今年度は、下記の原虫からoligo-capping法を用いて全長cDNAライブラリを作成した。
1)Cryptosporidium parvum : sporozoite
2)Plasmodium vivax:赤内型原虫
3)Babesia egvi, Babesia cabalii, Babesia bovis:赤内型原虫
4)Eimeria tenella : sporozoite
1)2)の2種の全長cDNAライブラリについては、多数のクローンの5'端ワンパスシークエンスを決定し、ゲノム塩基配列と比較、ゲノムマップビューワーを作成し、インターネットで公開した(Full-malaria http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp)。また、3)4)のライブラリについても、多数クローンの5'と3'端のワンパスシークエンスを決定した。
さらに、比較ゲノム解析に利用する目的で、Comparasiteデータベースを作成、公開した(Comparasite http://comparasite.hgc.jp/)。これは、全長cDNAクローンで定義される発現遺伝子の転写開始点とannotated geneによって定義される遺伝子構造について、複数のアピコンプレクサ原虫のホモログをまとめて検索可能にしたものである。
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[Journal Article] Common inheritance of chromosome Ia associated with clonal expansion of Toxoplasma gondii.2006
Author(s)
Khan A, Bohme U, Kelly KA, Adiem E, Brooks K, Simmonds M, Mungall K, Quail MA, Arrowsmith C, Chillingworth T, Churcher C, Harris D, Collins M, Fosker N, Fraser A, Hance Z, Jagels K, Moule S, Murphy L, O'Neil S, Rajandream MA, Saunders D, Seeger K, Whitehead S, Mayr T, Xuan X, Watanabe J, Suzuki Y, Wakaguri H, Sugano S, Sugimoto C, Paulsen I, Mackey AJ, Roos DS, Hall N, Berriman M, Barrell B, Sibley LD, Ajioka JW
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Journal Title
Genome Res. 16(9)
Pages: 1119-1125
