2006 Fiscal Year Annual Research Report
ダイズ形質遺伝子座領域の物理地図作製と塩基配列解析
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18208001
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
原田 久也 千葉大学, 園芸学部, 特命教授 (70011913)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
夏 正俊 千葉大学, 園芸学部, 特任教員 (50422217)
佐藤 修正 かずさDNA研究所, 植物遺伝子研究部, 研究員 (70370921)
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| Keywords | ダイズ / 遺伝子座 / QTL解析 / BACクローン / コンティグ / ホモロジー検索 / 遺伝子予測 / マイクロシンテニー |
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| Research Abstract |
1.根粒着生制御遺伝子Nts1の領域については、146Kbと136Kbの2つのBACクローンによるコンティグを作製して全体の塩基配列を決定した。ホモロジー検索と遺伝子予測プログラムを併用して、遺伝子構造のモデリング、機能注釈を行った結果、Nts1の近傍に13の遺伝子が予測された。Nts1のミヤコグサオルソログHAR1の周辺領域と比較すると、ほとんどの遺伝子は順序と向きが一致していて、マイクロシンテニーが高度に保存されていることがわかった。
2.Nodファクター受容体遺伝子GmNFR1はダイズに2つ存在していて、連鎖群B2とD1bに位置づけられることがわかった。それぞれに特異的なプライマーを用いて、ひとつずつBACクローンをスクリーニングした。それらの塩基配列解析は進行中である。
3.開花期関連QTLであるFT1については、品種Harosoyの準同質遺伝子系統間のF2集団を用いて精密マッピングを行い、その領域を約500kbに絞り込み、それをカバーする38のBACクローンによるコンティグを作製した。そのうち塩基配列解析のための8つのクローンを選択した。まだ完全には塩基配列が決定されていないが、この領域はレトロトランスポゾンが多い部分と遺伝子が豊富に存在する部分がキメラ状になっていることがわかった。
4.開花期関連遺伝子FT2の存在する領域については近傍のAFLPマーカーのSTS化が完了したため、精密マッピングが進展して、5つのBACクローンによるコンティグを作製することが出来た。これらの塩基配列情報から1.と同様にして約400kbの中に61の遺伝子を予測することが出来た。この領域はミヤコグサの第5連鎖群と高度のマイクロシンテニーが保たれていることがわかった。
5.タンパク質含量QTLのひとつであるPRO1については、この領域の準同質遺伝子系統問で多型を示す41のAFLPマーカーを同定した。今後STS化を進め詳細マッピングを行う予定である。
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