2006 Fiscal Year Annual Research Report
実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体モデルデータベースの構築
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18310139
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
梅山 秀明 北里大学, 薬学部, 教授 (20050619)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹田 真由子 (志鷹 真由子) 北里大学, 薬学部, 助教授 (70265718)
岩舘 満雄 北里大学, 薬学部, 講師 (10327447)
寺師 玄記 北里大学, 薬学部, 助手 (40383658)
加納 和彦 北里大学, 薬学部, 助手 (00383654)
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| Keywords | FAMS / CASP / CAPRI / Complex / Structure Prediction / Interaction / Critical Assessment / Protein |
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| Research Abstract |
平成18年度は、まず、単体タンパク質の全自動ホモロジーモデリングシステムFAMSおよびタンパク質複合体の全自動ホモロジーモデリングシステムFAMS Complexの改良を目指して以下のことを行った。まずタンパク質予測法のコンテストストとしてタンパク質立体構造予測の国際コンテストCritical Assessment of Techniques for Protein Structure Predlction(CASP)において高い評価を受けているが、平成18年度にも開催されたCASP7に参加し同様に高い評価を維持することができた。具体的には、実験構造を鋳型としてモデル構築を行うTBM(Template Based Modeling)部門において全参加者187チーム中6位の成績を挙げることが出来、成績優秀者として研究代表者(梅山秀明)が招待講演も言った。これは、日本人として過去のCASPも含め6人目の偉業であり、前回のCASP6でも研究分担者(竹田真由子)が招待講演を行っていることから、高い評価を維持していることの明らかな証明であると考えられる。
次に複合体に関しても同様に国際コンテストであるCritical Assessment of PRediction of Interactions(CAPRI)に出場することによってまずは高評価を受けることを目的とした。結果、本年度に出題されたRound9のターゲットの25番目において、(詳細は主催者側のウェブにも掲載http://capri.ebi.ac.uk/round9/R09_T25/index.html)全チームの提出の336構造のうち9位の成績を持つ構造を提出することが出来ている。
以上を足がかりとしてアルゴリズムの更なる改良を試み単体および複合体の解析のハイスループット化を目指したい。
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