2007 Fiscal Year Annual Research Report
実験動物ラット・マウス遺伝子の単体・複合体タンパク質立体モデルデータベースの構築
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18310139
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
梅山 秀明 Kitasato University, 薬学部, 教授 (20050619)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
竹田 真由子 (志鷹 真由子) 北里大学, 薬学部, 准教授 (70265718)
岩館 満雄 北里大学, 薬学部, 講師 (10327447)
寺師 玄記 北里大学, 薬学部, 助教 (40383658)
加納 和彦 北里大学, 薬学部, 助教 (00383654)
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| Keywords | タンパク質 / データベース / ラット / マウス |
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| Research Abstract |
タンパク質の機能を推定するためには、その立体構造情報は必要不可欠である。特にヒトの医薬品の創製のために重要であると考えられる、実験動物であるラット・マウスを対象とし、そのゲノムにコードされた全タンパク質を対象にしたタンパク質立体構造の高精度モデルデータベースの構築を行った。
まず、全自動ホモロジーモデリングシステムFAMSおよびタンパク質複合体の全自動ホモロジーモデリングシステムFAMS Complexの改良を行った。これらは、タンパク質立体構造予測の国際コンテスト CASP7,タンパク質相互作用予測の国際コンテスト CAPRI において優秀な成績を示すことができた。これにより、さらに高精度のタンパク質予測立体構造の構築が可能となった。さらに、配列アライメントの作成およびその優先順位付けの技術、ならびに構築された立体構造の精度を評価する技術を確立した。これにより、タンパク質予測立体構造をデータベース化するに際し、単なる構造データのみの提供だけでなく、その信頼性といったデータベースを使用する上で有用な情報を提供することが可能となった。以上の改良と技術を用い、ラット・マウスのアミノ酸配列情報を元に大規模なタンパク質予測立体構造データベースを構築しRIKEN FAMSBASE においてその成果をインターネットを通じて全世界に公開した。
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