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2008 Fiscal Year Annual Research Report

NO誘導損傷塩基オキザニンの遺伝子内生成とその発ガン誘発の化学的・生化学的証明

Research Project

Project/Area Number 18350083
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

牧野 圭祐  Kyoto University, エネルギー理工学研究所, 教授 (50159141)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小瀧 努  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70170264)
Keywords一酸化窒素 / 損傷塩基 / オキザニン / 発ガン / 修復酵素 / 架橋形成 / DNA認識酵素
Research Abstract

昨年度に引き続きNOによってGuaから生成するオキザニン(Oxa)による発ガン機構を検討した。
(1) DNAリガーゼや制限酵素類等のDNA認識酵素類が、Oxaを鎖中にもったDNA二重鎖に対し、通常のDNA二重鎖に対するのと同様の反応を行うことを明らかにした。条件設定を行い、60量体DNA二重鎖調製に成功した。また、T4ポリヌクレオチドキナーゼによる末端のリン酸化反応にも成功した。いずれの反応中も、Oxaは酵素類と架橋反応しなかった。
(2) 大腸菌グリコシラーゼ(Endo III、Endo VIII、Fpg、AlkA)及び哺乳類グリコシラーゼ(NTH1、NEIL1、NEIL2、OGG1、MPG)が、Oxa含有DNA二重鎖と相互作用して架橋することを確認した。この方法で種々の分子量のタンパク質を任意の位置に架橋したDNA二重鎖試料が調製できた。反応部位は側鎖にアミノ基あるいはSH基をもったアミノ酸であった。
(3) 上の方法を用いてUvrABCヌクレアーゼの切断位置の間にOxaを配置した60量体DNAオリゴマーを調製して試料として用い、未知の機構である分裂していない二重鎖上にトラップされたタンパク質の修復機構を検討した。ヌクレオチド除去修復(nucleotide excision repair、NER)と相同組換え(homologous recombination、HR)の役割をin vitroおよびin vivoで解析し、NERおよびHR双方が関与することを証明した。NERは12-14 kDa以下のタンパク質が架橋した部位の修復にあたり、これ以上のタンパク質の場合は、RecBCD依存的HRのみが役割を果たした。
(4) 固相化学合成によってOxaを鎖中に含む二重鎖をmgオーダーで合成し、二次元核磁気共鳴による構造解析を行い、Oxaの向かい側にCytあるいはThyを配置した場合、局所構造の変化は少ないことを明らかにした。
(5) 以上の結果を総合して、NOによって二重鎖DNA中に生成したオキザニンによる発ガンの可能性は無視できないものと結論する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2008

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] Bioethanol Production from Xylose by Recombinant Saccharomyces cerevisiae Expressing Xylose Reductase2008

    • Author(s)
      A. Matsushika, S. Watanabe, T. Kodaki, K. Makino, S. Sawayama
    • Journal Title

      J. Biosci. Bioeng. 105

      Pages: 296-299

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The radical scavenger edaravone (3-methyl-1-phenyl-2-pyrazolin-5-one) rescts with a pterin derivative and2008

    • Author(s)
      T. Arai, M. Nonogawa, K. Makino, N. Endo, H. Mori, T. Miyoshi, K.
    • Journal Title

      J. Pharmacol. Exp. Ther. 324

      Pages: 529-538

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anticancer photodynamic and non-photodynamic effects of pterin derivatives on a pancreatic cancer cell line.2008

    • Author(s)
      T. Miyoshi, T. Arai, M. Nonogawa, K. Makino, H. Mori, K. Yamashita
    • Journal Title

      J. Pharmacol. Sci. 107

      Pages: 221-225

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Eukaryotic and bacterial gene clusters related to an alternative pathway of nonphosphorylated L-rhamnose2008

    • Author(s)
      S. Watanade, M. Saimura, K. Makino.
    • Journal Title

      J Biol Chem. 283

      Pages: 20372-20382

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression of protein engineered NADP (+)-dependent xylitol dehyrogenase increases ethanol production from2008

    • Author(s)
      A. Matsushika, S. Watanabe, T. Kodaki, K. Makino, H. Inoue, K.
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol. 81

      Pages: 243-255

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Metabolic fate of 1-lactaldehyde derived from analternative 1-rhamnose pathway.2008

    • Author(s)
      S. Watanabe, S. Piyanart, K. Makino.
    • Journal Title

      FEBS J. 275

      Pages: 5139-5149

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ozone production by amino acids contributes to killing of bacteria.2008

    • Author(s)
      K. Yaraashita, T. Miyoshi, T. Aral, N. Endo, H. Itoh, K.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 105

      Pages: 16912-16917

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reinvestigation of the molecular influence of hypoxanthine on the DNA cleavage efficiency of2008

    • Author(s)
      A. Doi, S. P. Pack, T. Kodaki, K. . Makino.
    • Journal Title

      J. Biochem

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Investigation of interaction between acid/base catalystamino acid residues and oxanine, a novel oxidative2008

    • Author(s)
      A. Doi, S. P. Pack, M. Saimura, M. Nonogawa, T. Kodaki, K. Makino
    • Organizer
      第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2008-12-12
  • [Presentation] タンパク質工学を用いたキシロース発酵性サツカロミセス酵母の育種2008

    • Author(s)
      渡辺誠也, 小瀧努, 牧野圭祐, 松鹿昭則, 澤山茂樹
    • Organizer
      第60回 日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2008-09-28
  • [Presentation] Reactive oxygen species generation through NADH oxidation by pterin derivatives.2008

    • Author(s)
      M, Nonogawa, T. Arai, N. Endo, G. P. Pack, T. Kodake, K.
    • Organizer
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2008-09-12
  • [Presentation] Repair of DNA-protein crosslink damage : coordinatedactions of nucleotide excision repair and homologous2008

    • Author(s)
      H. Ide, T. Nakano, A. M. Salem, H. Terato, S. P. Pack, K. Makino.
    • Organizer
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Efficient preparation of xanthine-containing oligodeo xynucleotide from oxanine-containing2008

    • Author(s)
      A. Doi, S. P. Pack, T. Kodaki, K. Makino.
    • Organizer
      Joint Symposium of 18ty International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Reactivity of oxanine : efficient fabrication of DNA microarray by using oxanine-containing DNA oligomer as2008

    • Author(s)
      S. P. Pack, N. K. Kamisetty, M. Nonogawa, T. Kodaki, K.
    • Organizer
      Joint Symposium of 18th International Roundtable on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Temperature-gradient dependent detection of target DNA oligomers using DNA-immobilized open tubular capillary2008

    • Author(s)
      N. K. Kamisetty, S. P. Pack, K. C. Devarayapalli, M. Nonogawa, T.
    • Organizer
      Joint Symposium of 18th International Roundtableon Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids and
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Bioethanol production from xylose by recombinant Saccharomyces cerevisiae expressing xylose reductase2008

    • Author(s)
      A. Matsushika, S. Watanabe, T. Kodaki, K. Makino, S. Sawavama
    • Organizer
      30th Symposium on Biotechnology for Fuels and Chemicals
    • Place of Presentation
      Chicago, USA
    • Year and Date
      2008-05-04

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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