ムカシシロアリ細胞内共生細菌ブラタバクテリウムの全ゲノム機能解析

2007 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18380045
• Research Institution: National Institute of Agrobiological Sciences
• Principal Investigator: 渡辺 裕文 National Institute of Agrobiological Sciences, 昆虫科学研究領域・昆虫・微生物間相互作用研究ユニット, 主任研究員 (10355745)
• Keywords: GS20 / ゲノム / 細胞内共生細菌 / パルスフィールド電気泳動 / ショットガン解析 / ゲノムサイズ / pUC118

Research Abstract

1)オオゴキブリより分離したブラタバクテリウムゲノムをI-CeuI、BglI、KspI等の制限酵素で切断し、パルスフィールド電気泳動法によりゲノムサイズを測定した結果、680kbpであることを確認した。
2)18年度にパルスフィールド電気泳動法によって分離したオオゴキブリ由来ブラタバクテリウムゲノムのGS20大規模解析を行った(一部18年度報告に掲載)。結果、680kbpと推定されるブラタバクテリウムのゲノムから1018本のコンティグを得た。コンティクの最大長は23、014bp、平均コンティグ長は5、733bp、800フロー以上からなるコンティグの平均長は9、812bpであった。4kbp以上のコンティグは56本でこれらのみで552,860bpとゲノムの81%をカバーしていた。これに加えてpUC118プラスミドを使って作成したフラタバクテリウムゲノムショットガンライブラリー12、000サンプルのワンパス解析をABI3700自動DNAシーケンサーを用いて行い、得られたデーターとGS20のコンティグとのマニュアルアッセンブリーを行った。結果としてコンティグ長は最大117kbpまで増加した。