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2008 Fiscal Year Final Research Report

Virus Ecology in the Floodwater of Rice Fields

Research Project

  • PDF
Project/Area Number 18380051
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Plant nutrition/Soil science
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

KIMURA Makoto  Nagoya University, 大学院・生命農学研究科, 教授 (20092190)

Project Period (FY) 2006 – 2008
Keywords水田 / ウイルス / ファージ / g23遺伝子 / 季節変動 / Sphingomonas / 透過型電子顕微鏡 / TEM
Research Abstract

本研究においては、水田表面水中のウイルスの生態解明を目的とし、1)水田表面水中には細菌数の平均8倍程度多数のウイルスが存在すること、細菌数とウイルス数の間に正の相関がみとめられた。2)表面水から分離した18株の細菌を供試し、これらに感染するバクテリオ数の季節変動と肥料の種類の影響を調査した結果、表面水中のファージ群集は、系統的に広い範囲の細菌に感染するファージから構成されていることが示唆された。3)表面水中に生息する細菌へのウイルスの感染状況を、透過型電子顕微鏡による細菌細胞の観察から推定した結果、平均で2~3%の細菌細胞中にファージの存在が観察され、水田表面水中のファージ群集が細菌群集の死滅を引き起こすとともに、細菌群集の遷移に大きく影響していることを推察した。また、4)藍藻ファージに特異的なプライマーを用いて同ファージの群集構造を評価した結果、水田にはこれまで知られていなかった未知の藍藻ファージの存在が推定された。

  • Research Products

    (14 results)

All 2009 2008 2007 2006

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Morphology, host range and phylogenetic diversity of Sphingomonas phages in the floodwater of a Japanese paddy field2009

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Takashi Tsuge, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Sci. Plant Nutr 55(1)

      Pages: 53-64

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Frequency of phage-infected bacterial cells in the floodwater of a Japanese paddy field2009

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Biol. Biochem 41(2)

      Pages: 186-191

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comparison of g23 gene sequence diversity between Novosphingobium and Sphingomonas phages and phage communities in the floodwater of a Japanese paddy field2009

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Biol. Biochem 41(2)

      Pages: 179-185

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Morphological analysis of viral communities in the floodwater of a Japanese paddy field2007

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Mami Okumura, Katsuhiro Inoue, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Biol. Biochem 39(12)

      Pages: 3187-3190

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Abundance of bacteriophages of common heterotrophic bacteria in the floodwater of a Japanese paddy field2007

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Mami Okumura, Katsuhiro Inoue, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Sci. Plant Nutr 53(5)

      Pages: 595-605

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Seasonal variations in abundances of virus-like particles and bacteria in the floodwater of a Japanese paddy field2007

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Mami Okumura, Katsuhiro Inoue, Susumu Asakawa, and Makoto Kimura
    • Journal Title

      Soil Sci. Plant Nutr 53(4)

      Pages: 420-429

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phylogenetic distribution of bacteria isolated from the floodwater of a Japanese paddy field2006

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Akiko Okabe, Koki Toyota, Makoto Kimura, and Susumu Asakawa
    • Journal Title

      Soil Sci.Plant Nutr 52(3)

      Pages: 305-312

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 水田表面水におけるファージ群集とNovosphingobiumu/Sphingomonasファージのg23遺伝子の多様性2008

    • Author(s)
      中山奈津子、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Morphology, host range and phylogenetic diversity of Sphingomonas phages belonging to the family of Siphoviridae2008

    • Author(s)
      Natsuko Nakayama, Susumu Asakawa, Makoto Kimura
    • Organizer
      International Union of Microbiological Societies[IUMS]World Congresses
    • Place of Presentation
      イスタンブール・トルコ
    • Year and Date
      2008-08-13
  • [Presentation] 水田表面水に生息する細菌群集の死滅へのファージの寄与率推定2008

    • Author(s)
      中山奈津子、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌微生物学会2008年度大会
    • Place of Presentation
      静岡
    • Year and Date
      2008-06-13
  • [Presentation] 水田表面水中のSphingomonas sp. に感染する溶菌性ファージの遺伝子解析2007

    • Author(s)
      中山奈津子、奥村真未、井上勝弘、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2007年度大会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-08-22
  • [Presentation] サイズ分布から見た水田表面水中ウイルスの多様性2007

    • Author(s)
      中山奈津子、奥村真未、井上勝弘、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌微生物学会2007年度大会
    • Place of Presentation
      柏
    • Year and Date
      2007-06-07
  • [Presentation] 長期肥料連用試験圃場における水田表面水中のバクテリオファージの季節変動2006

    • Author(s)
      中山奈津子、奥村真未、井上勝弘、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌肥料学会2006年度大会
    • Place of Presentation
      秋田
    • Year and Date
      2006-09-07
  • [Presentation] 長期肥料連用試験圃場の水田表面水中におけるウイルス数と細菌数の関係2006

    • Author(s)
      中山奈津子、奥村真未、井上勝弘、浅川晋、木村眞人
    • Organizer
      日本土壌微生物学会2006年度大会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2006-06-11

URL: 

Published: 2010-06-10   Modified: 2016-04-21  

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