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2008 Fiscal Year Annual Research Report

未開拓遺伝子資源を利用した細菌の有機塩素系環境汚染物質浄化能力の総合的開発

Research Project

Project/Area Number 18380054
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

永田 裕二  Tohoku University, 大学院・生命科学研究科, 准教授 (30237531)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 津田 雅孝  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022)
Keywords酵素 / 細菌 / バイオテクノロジー / 微生物 / 環境汚染物質
Research Abstract

本研究では、環境汚染が深刻な代表的な有機塩素系殺虫剤に焦点をあて、(i)難培養性微生物の遺伝情報も含む未開拓な遺伝子資源から新規の分解酵素遺伝子の取得、(ii)有機塩素系環境汚染物質分解の鍵酵素である脱ハロゲン酵素の機能改良、(iii)直接の分解酵素以外で分解活性の発現に必須な細胞因子の同定、(iv)有効な有機塩素系化合物の生分解システムの構築、を実施し、環境細菌が有する高度難分解性有機塩素系化合物の分解能力を正確に把握し、これを総合的に開発することで環境浄化へ結びつけることを目的とする。本年度の主な成果は以下の通りである。
1) 基質および産物の出入りの過程に注目することで、ハロアルカンデハロゲナーゼDhaAの1, 2, 3-trichloropropaneに対する分解活性を強化できることを明らかにした。
2) 根粒菌由来のLinBホモログであるDbeAの結晶化に成功した。
3) 環境汚染物質分解に関わるプラスミドNAH7上のtraDオペロンが接合伝達の宿主特異性の決定に関与する因子であることを明らかにした。
4) 環境細菌の環境適応にグローバルレギュレーターFurが重要な役割を果たしていることを明らかにした。
5) 有機塩素系殺虫剤HCH汚染土壌より単離した細菌MI1205株が保持するLinB-MIが、UT26株由来のLinB-UTと7アミノ酸残基のみの違いにも関わらず顕著な活性特性の違いを示す原因について、立体構造の観点から解析を行った。
6) 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解の鍵酵素であるLinAの結晶構造解析に成功した。
7) DNA配列比較ソフトウェアGenomeMatcherを開発した。

  • Research Products

    (29 results)

All 2009 2008

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (20 results)

  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of a novel haloalkane dehalogenase DbeA from Bradyrhizobium elkani USDA942009

    • Author(s)
      T. Prudnikova, et.al.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F 65

      Pages: 353-356

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 環境細菌ゲノムの構造と可塑性-難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合-2009

    • Author(s)
      大坪嘉行ら
    • Journal Title

      化学と生物 47

      Pages: 35-42

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans2008

    • Author(s)
      S. Yuhara, et.al.
    • Journal Title

      Microbiology 154

      Pages: 1763-1774

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insertion sequence-based cassette PCR : cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA2008

    • Author(s)
      G. Fuchu, et.al.
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol. 79

      Pages: 627-632

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics2008

    • Author(s)
      Y. Shimoda, et.al.
    • Journal Title

      DNA Research 15

      Pages: 297-308

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer2008

    • Author(s)
      R. Miyazaki, et.al.
    • Journal Title

      J. Bacteriol. 190

      Pages: 6281-6289

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome Matcher : A graphical user interface for DNA sequence comparison2008

    • Author(s)
      Y. Ohtsubo, et.al.
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics 9

      Pages: 376-376

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現2008

    • Author(s)
      津田雅孝ら
    • Journal Title

      土と微生物 62

      Pages: 93-97

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 土壌環境での細菌の生き様を探る(2008年度日本生物工学会大会報告)2008

    • Author(s)
      永田裕二
    • Journal Title

      日本生物工学会誌 86

      Pages: 549-549

  • [Presentation] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与する受容菌側因子の解析2009

    • Author(s)
      井上慧, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Agrobacterium tumefaciens C58株由来の新規ハロアルカンデハロゲナーゼDatAの解析2009

    • Author(s)
      石塚真祐子, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616の愛媛土壌特異的発現遺伝子の鹿島台土壌における発現誘導性の検討2009

    • Author(s)
      山本泰弘, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] IncP-7群プラスミドの分配機構による宿主特異性2009

    • Author(s)
      宮腰昌利, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHモデル汚染土壌由来のHCH分解菌の単離と解析2009

    • Author(s)
      府中玄樹, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答2009

    • Author(s)
      遠藤諒, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Sphingomonas sp. MM-1株のgamma-HCH分解関連プラスミドの構造解析2009

    • Author(s)
      田端理朗, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のカタボライト調節における抑制基質認識メカニズムの解明2009

    • Author(s)
      鈴木信太郎, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] 比較ゲノムソフトウエアGenomeMatcherとその付属機能2009

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Pseudoalteromonas atlantica AR06株の産生するアルギン酸リアーゼAlyAの解析2009

    • Author(s)
      松嶋良次, ら
    • Organizer
      日本農芸化学会2009年度大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20090327-29
  • [Presentation] Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurを介した一酸化窒素(NO)に対する適応機構2009

    • Author(s)
      湯原悟志, ら
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20090305-07
  • [Presentation] 自己伝達性プラスミドの接合伝達過程における転写誘導2009

    • Author(s)
      宮腰昌利, ら
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20090305-07
  • [Presentation] GenomeMatcher : 比較ゲノムソフトウエアとその付属機能2009

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      第3回日本ゲノム微生物学会総会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20090305-07
  • [Presentation] Adaptation and evolution of bacteria in natural environments2008

    • Author(s)
      Y. Nagata, et.al.
    • Organizer
      Memorial Symposium of the 24th International Prize for Biology-Ecology for the Changing World
    • Place of Presentation
      Sendai, Japan
    • Year and Date
      20081210-11
  • [Presentation] Analysis of alginate lyase and its gene from Pseudoalteromonas atlantica AR062008

    • Author(s)
      R. Matsushima, et.al.
    • Organizer
      5th World Fisheries Congress
    • Place of Presentation
      Yokohama, Japan
    • Year and Date
      20081020-24
  • [Presentation] Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-12008

    • Author(s)
      M. Tabata, et.al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-0905
  • [Presentation] Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids2008

    • Author(s)
      M. Miyakoshi, et.al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-0905
  • [Presentation] Characterization of the traD operon in Incp-9 plasmid NAH7 : a host-range modifier in conjugative transfer2008

    • Author(s)
      R. Miyazaki, et.al.
    • Organizer
      International Plasmid Biology Conference 2008
    • Place of Presentation
      Gdansk, Poland
    • Year and Date
      20080830-0905
  • [Presentation] 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明2008

    • Author(s)
      大坪嘉行, ら
    • Organizer
      日本生物工学会大会シンポジウム
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      20080827-29
  • [Presentation] Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil2008

    • Author(s)
      Y. Nagata, et.al.
    • Organizer
      ISSM satellite symposium "Environmental aenomics"
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2008-11-05

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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