2007 Fiscal Year Annual Research Report
パラフィン包埋標本を用いたcDNAマイクロアレイの開発と臨床応用
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18390362
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
植竹 宏之 Tokyo Medical and Dental University, 大学院・医歯学総合研究科, 寄付講座教員 (60311651)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
杉原 健一 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (10171167)
樋口 哲郎 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助教 (90334416)
飯田 聡 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助教 (20361694)
石川 敏昭 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 寄附講座教員 (00422478)
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| Keywords | パラフィン包埋標本 / マイクロアレイ / RT-PCR / 遺伝子発現 / リアルタイムPCR / 予後因子 / 抗癌剤感受性 / 化学療法 |
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| Research Abstract |
胃癌・大腸癌切除標本(ホルマリン固定パラフィン包埋:FFPE)を用い、抗癌剤感受性予測因子と思われる遺伝子の発現検索を行った。購入したReal-Time PCR機器(7300リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステム社))を用い、遺伝子発現量を半定量法にて測定した。この結果を国内外の学会で発表し(2007年度アメリカ臨床腫瘍学会(ASCO)、アメリカ癌学会(AACR)日本消化器外科学会、制癌剤適応研究会など)、一部を雑誌に著した(下記)。パラフィン標本からのRNA抽出については、Real-Time PCR法を行うに十分な量が、再現性を持って得られることが明らかになった。FFPE標本の癌細胞だけを打ち抜く方法であるLaser Capture Microdissection(LCM)法については、Real-Time PCR法に使用しうるRNAは抽出可能であることがわかった。
上記の方法でFFPEから抽出したRNAについて、マイクロアレイ解析が可能であるかを検討中である。マイクロアレイ解析を行うに十分なRNAは、現在のところすべての標本において回収されているわけではない。RNA収量が不十分な検体に関してはT7増幅を試みているが、現在のところ再現性が得られていない。実験手法などに更なる検討が必要と思われる。また、収量が十分であるにもかかわらずマイクロアレイ解析が行い得ない検体に関してもRNAのQualityなどについて検討している。LCM法のマイクロアレイへの応用についても現在検討中である。
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