2008 Fiscal Year Annual Research Report
パラフィン包埋標本を用いたcDNAマイクロアレイの開発と臨床応用
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18390362
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
植竹 宏之 Tokyo Medical and Dental University, 大学院・医歯学総合研究科, 寄附講座准教授 (60311651)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
杉原 健一 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (10171167)
樋口 哲朗 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助教 (90334416)
飯田 聡 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助教 (20361694)
石川 敏昭 東京医科歯科大学, 大学院・医歯学総合研究科, 寄附講座助教 (00422478)
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| Keywords | パラフィン包埋標本 / マイクロアレイ / RT-PCR / 遺伝子発現 / リアルタイムPCR / 予後因子 / 抗癌剤感受性 / 化学療法 |
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| Research Abstract |
胃癌・大腸癌切除標本(ホルマリン固定パラフィン包埋:FFPE)を用い、抗癌剤感受性予測因子と思われる遺伝子の発現検索を行った。購入したReal-Time PCR機器(7300リアルタイムPCRシステム(アプライドバイオシステム社))を用い、遺伝子発現量を半定量法にて測定した。この結果を国内外の学会で発表し(2008年度アメリカ癌学会(AACR)、日本消化器外科学会など)、一部を雑誌に著した(下記)。上記の方法でFFPEから抽出したRNAについて、マイクロアレイ解析が可能であることもほぼ判明し、胃癌標本での解析結果を2008年度アメリカ臨床腫瘍学会(ASCO)で発表した。
上記の方法でFFPEから抽出したRNAについて、マイクロアレイ解析が可能であるかをさらに検討中である。マイクロアレイ解析を行うに十分なRNAは、現在のところすべての標本において回収されているわけではない。RNA収量が不十分な検体に関してはT7増幅を試みており、再現性が得られつつある。実験手法などに更なる検討が必要と思われる。また、収量が十分であるにもかかわらずマイクロアレイ解析が行い得ない検体に関してもRNAのQualityなどについて検討している。LCM法のマイクロアレイへの応用についても、十分量の細胞の採取が可能であるか、癌と間質での遺伝子発現の違いなどを考慮に入れ、現在実験中である。大腸癌においては手技がほぼ確定したが胃癌は間質量が多く、LCMにより癌細胞だけを選択するとRNAの収量が足りないのが現状である。
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