2006 Fiscal Year Annual Research Report
DNAマイクロビーズアレイを用いた脊髄軸索再生因子に関する網羅的遺伝子発現解析
| Project/Area Number |
18390411
|
|---|
| Research Institution | University of Fukui |
|---|
Principal Investigator |
馬場 久敏 福井大学, 医学部, 教授 (00165060)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小林 茂 福井大学, 医学部附属病院, 助教授 (80234821)
内田 研造 福井大学, 医学部附属病院, 講師 (60273009)
古川 昭栄 岐阜薬科大学, 薬学部, 教授 (90159129)
|
|---|
| Keywords | 脊髄損傷 / 網羅的遺伝子解析 / 脊髄再生因子 |
|---|
| Research Abstract |
脊髄圧迫モデルは(Black P et al.,Neurosurgery,1986)に基づき、完全損傷(重垂120g,2min)、不全損傷(重垂60g,1min)を作製、損傷直後、損傷後1、4週脊髄を摘出した。各サンプルごとに採取したtotalRNAを調節後、精製したpoly(A)RNAをAgilent 2100 Bioanalyzerを用いて純度を確認した。Gene Chip解析にはAffymetrix社GeneChip Rat Genome 230 2.0 Arrayを用いた。各サンプル間の比較解析のため正規化を行い、信頼性が低く、変動の小さい遺伝子を除去するため、Detection callを用いてフィルタリングを行った。抽出したプローブセットを用いて発現率、発現差を指標として変動遺伝子の抽出した。階層型クラスタリング解析を行い、樹形図を作成した後、各パターンごとに、生物学的特徴を知るために、Gene Ontology解析、pathway解析(KEGG pathway解析)を順次行なった。統計学的に右上がりの遺伝子発現は、glutathione metabolism, TGF-beta signaling pathway, ECM-receptor interaction、右下がりの遺伝子発現としてはlong-term depression, calcium signaling pathway, cell adhesion molecules、損傷後二相性のパターンを呈したのは、cell cycle, galactose metabolism, purine metabolismの順であった。今後解析し得た各サンプルにおけるTPM (transcripts per million)値を算出し、その大小、過去のマイクロアレイの結果、神経再生関連遺伝子などを基準に、遺伝子を選択、プライマーを作製し、リアルタイムPCRを行い、サンプルの変動遺伝子を比較検討する予定である。
|
