2006 Fiscal Year Annual Research Report
ILPに基づくたんぱく質一次構造からのフォールド予測
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18500120
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Tokyo University of Science |
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Principal Investigator |
大和田 勇人 東京理科大学, 理工学部, 教授 (30203954)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
朽津 和幸 東京理科大学, 理工学部, 助教授 (50211884)
松井 藤五郎 東京理科大学, 理工学部, 助手 (90366443)
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| Keywords | データ・マイニング / バイオインフォマティクス / たんぱく質構造予測 / ILP |
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| Research Abstract |
本年度の研究実績は次の3点にまとめられる.
(1)マルチドメインを持つ遠縁なタンパク質のための相同性検索ツールの研究
バイオインフォマティクスの中でも,相同性検索によって進化的に遠縁なタンパク質を発見することは生物学上重要である.本研究では,マルチドメインを持ち,かつ,遠縁なタンパク質を相同性検索によって発見するために,ドメインごとに検索し,その結果を統合する手法を提案した.提案手法に基づいて開発した相同性検索ツール「MDHMMER」と既存のツールを実験によって比較した結果,本手法が有効であることが明らかになった.
(2)確率ネットワークを用いた相同タンパク質検索システムの研究
本研究では,タンパク質の機能予測に用いるツールを組み合わせ,そこに生物学者が持つ知識や経験を考慮するための方法を提案した.タンパク質の機能予測を行う際,様々な観点から評価を行わなければならない.そこで,我々は,事象の依存関係をモデル化することができる確率ネットワークを用い,タンパク質を様々な観点から同時に検索できるシステムを構築した.その結果,従来よりも高性能なのタンパク質機能予測システムを構築できた.
(3)モデル植物の変異体購買履歴に基づく遺伝子選択支援システムの研究
一般に,遺伝子機能解析に携わる生物学者は,遺伝子の変異体を生物学のポータルサイトから注文し,変異体の遺伝形質を観察することにより遺伝子の機能の解析を行う.本研究では,変異体の購買履歴に着目し,購買履歴から異なる遺伝子が同じ研究者に購入される傾向を示す相関ルールを導出する方法を提案した.購買履歴から研究者の注目している遺伝子がわかるという点で論文よりも速報性があり,生物学者が研究する上で有用である.
以上は,情報処理関連の論文誌及び全国大会にて発表した.
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