2008 Fiscal Year Final Research Report

Fold prediction from protein of one-dimensional structure using inductive logic programming

Research Project

Project/Area Number	18500120
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Single-year Grants
Section	一般
Research Field	Intelligent informatics
Research Institution	Tokyo University of Science
Principal Investigator	OHWADA Hayato Tokyo University of Science, 理工学部・経営工学科, 教授 (30203954)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	MATSUI Tohgoroh 東京理科大学, 理工学部・経営工学科, 助教 (90366443)
Project Period (FY)	2006 – 2008
Keywords	帰納論理プログラミング / バイオインフォマティクス / たんぱく質 / フォールド予測 / ドメイン / 機械学習
Research Abstract	本研究ではプログラム細胞死に影響を与えるBcl-2ファミリーのたんぱく質を対象にして, シロイヌナズナの中から発見することを目的とした.たんぱく質の二次構造予測ツールを用いて二次構造を予測し, 帰納論理プログラミング(ILP)を用いて予測された二次構造に基づいた背景知識から仮説を構築した.それを, Bcl-2ファミリーたんぱく質のフォールド予測に適用した.実験の結果, 提案手法は予測精度, 特に再現率を向上させることが実証された.

(3 results)