2007 Fiscal Year Annual Research Report
細胞の構造と機能の原因となる遺伝子モジュールの網羅的収集
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18510178
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
藤渕 航 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 生命情報工学研究センター, 研究チーム長 (60273512)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
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| Keywords | 細胞・組織 / 発現制御 |
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| Research Abstract |
昨年に引き続き、細胞データの作成(大久保)とデータベースの作成)(藤渕)とそこから抽出した遺伝子モジュールの解析と意味付け、統合化を行った。特に、統合化には重点をおいて研究を行った。
【データベース作成過程】
細胞を100種以上についてiAFLP遺伝子発現データと画像写真データを収集し、昨年度開発したノイズに強い細胞の画像解析ソフトを利用して細胞のパラメーター(面積、円形度、縦横比、細胞整列度など)を測定した。
【遣伝子モジュール解析過程】
H19年度に開発したデータマイニングアルゴリズムであるLCMを応用した遺伝子モジュール抽出アルゴリズムを利用して、共同研究者から提供された遺伝子発現データ(Sese, et. al. Nucleic Acids Res.2001)から遺伝子モジュールを網羅的に取り出す方法を論文に報告した(Okada, et. al. IAENG 2007)。さらにこの方法を発展させ、より大規模なデータセットからノイズの少ない遺伝子モジュールを取り出す方法を考案し、国際マイクロアレイ解析アセスメント会議に投稿し採択され口頭発表を行った(Okada and Fujibuchi, CAMDA 2007)。
【遺伝子モジュールの意味付けと統合化】
網羅的に収集した遺伝子モジュールをすぐにGOやKEGGを利用して解析できるようにWebサーバーを作成した(cellmontage.cbrc.jp/samurai/)。現在は全ての結果をまとめて学術雑誌に投稿するための論文執筆とこのWebサーバーと昨年開発した細胞情報サーバーを一体化して総合的なページを作製している。
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Research Products
(5 results)
