2006 Fiscal Year Annual Research Report
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18570039
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
小俣 達男 名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 教授 (50175270)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤田 祐一 名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 助教授 (80222264)
前田 真一 名古屋大学, 大学院生命農学研究科, 助手 (70335016)
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| Keywords | 遺伝子 / 環境 / ゲノム / ストレス / マイクロアレイ |
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| Research Abstract |
1、炭素欠乏に応答して発現するncRNAの同定
単細胞性のラン藻Synechococcus elongatusを材料とし、網羅的な遺伝子発現解析には、ORFに加えて100bp以上の長さのORF間の配列に対応する順逆両方向のオリゴヌクレオチドスポットを有するAffimetrix社叢のGene chipを用いた。高CO_2濃度(2%)で培養した細胞と、高CO_2から低CO_2(0.05%)条件に移して30分後の細胞における遺伝子発現を比較し、炭素欠乏ストレス応答性のncRNA遺伝子の候補として炭素欠乏条件下の発現量が高く、かつ隣接したORFとは異なる発現様式を示すORF間領域を10種類選び出した後、これらの領域の発現を、Northem法によって解析した結果、遺伝子間領域に対応する短いRNA鎖の発現を示す2領域を最終的な炭素欠乏誘導性ncRNA遺伝子の候補として選択することができた。
2、窒素欠乏に応答して発現するncRNAの探索
1と同じ方法を用いて、窒素源を十分含む培地で培養した細胞と、無窒素で20分間処理した細胞の遺伝子発現を網羅的に比較して窒素欠乏誘導性ncRNA遺伝子の候補を選出した。ラン藻の窒素欠乏への適応に関わる遺伝子群の活性化は、一般に転写因子NtcAに依存しているので、前期の候補の中からNtcAの欠失変異株において窒素欠乏への応答が失われる1つを選び出し、窒素欠乏への応答に関わるncRNA遺伝子の最終的な候補とした。
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