2007 Fiscal Year Annual Research Report
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18570113
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| Research Institution | Chiba Institute of Technology |
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Principal Investigator |
坂本 泰一 Chiba Institute of Technology, 工学部, 助教 (40383369)
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| Keywords | RNA / NMR / シグナル認識粒子 / 構造生物学 / タンパク質 |
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| Research Abstract |
本研究では,Pyrococcus furiosus由来のSRPのSドメインの立体構造解析およびその構成因子であるSRPRNAのhelix 6およびheliX 8,SRP19タンパク質の相互作用解析を行うことを目的としている.昨年度,helix 6のループ部分の立体構造を決定したので,本年度は,helix 8およびheliX 6とhelix 8をつないだSドメインRNAの立体構造解析を試みた.それぞれの試料を大量調製し,NMRスペクトルを測定したところ,シグナルがブロードで,重なりが激しいため,NMRスペクトルの解析が困難であった.そこで,helix 8の部分に塩基置換を施し,良好なNMRスペクトルを得ることを試みたが,NMRスペクトルの顕著な改善はみられなかった.これは,GC含量が多いためNMRシグナルが重なり,さらに非対称な内部ループがあるために立体構造が不安定になってしまったことが原因であると考えられる.
一方SRP19タンパク質については,昨年度までに,安定同位体標識した試料の三重共鳴スペクトルの解析により,主鎖については約90%のシグナルを帰属していたが,それ以上NMRシグナルの帰属は進まず,立体構造決定には至らなかった.原因は,試料濃度が低かったため,十分なシグナルが得られなかったことが原因と考えられる.現在,安定同位体標識したSRP19タンパク質の調製を再度行っている.
現在,P.furiosus由来のSRP RNAのNMRスペクトルの解析は困難であると判断し,SRP19に結合するRNAアプタマーを作成し,そのアプタマーとSRP19タンパク質の相互作用をNMRで解析することを試みている.
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