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2007 Fiscal Year Annual Research Report

光化学系IIにおけるキノン電子受容体の反応と制御の分子メカニズム

Research Project

Project/Area Number 18570145
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

野口 巧  University of Tsukuba, 大学院・数理物質科学研究科, 准教授 (60241246)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉浦 美羽  大阪府立大学, 大学院・生命環境科学研究科, 助教 (80312255)
Keywords光化学系II / プラストキノン / 第一キノン電子受容体Q_A / 第二キノン電子受容体Q_B / フーリエ変換赤外分光法(FTIR) / 密度汎関数法
Research Abstract

光合成水・キノン酸化還元酵素である光化学系II蛋白質複合体におけるキノン分子の構造・機能を調べるため、光誘起フーリエ変換赤外(FTIR)差スペクトル法を用いて、第一キノン電子受容体Q_Aの酸化還元電位と水素結合構造の関係を調べた。第ニキノン電子受容体Q_Bの結合部位に様々な除草剤を結合させ、酸素発生系S_2状態とQ_<A->の電荷再結合による熱発光グローカーブと光誘起Q_<A->生成の際のFTIR差スペクトルを測定した。熱発光のピーク温度は、フェノール系除草剤(bromoxynil,ioxynil)を加えたときには低下し、その他のタイプの除草剤(尿素系:DCMU、ウラシル系:bromacil、トリアジン系:atrazine,terbutryn)を加えたときには上昇した。このことは、前者ではQ_Aの一電子還元反応の酸化還元電位が低下し、後者では逆に上昇することを示している。またFTIRスペクトルにおけるQ_<A->セミキノンアニオンのCO伸縮振動は、後者に対して前者では約1cm^<-1>程低い振動数を示した。密度帆関数法を用いた量子化学計算による解析から、この振動数差は、プラストキノン分子のカルボニル基への水素結合強度の違いを示すことが示された。また、bromoxynil及びioxynilが持つCN基の伸縮振動がFTIRスペクトルに観測され、その振動数と有機溶媒中における測定結果から、これらの除草剤はQ_B部位に脱プロトン化して結合していることが明らかとなった。これらの結果から、フェノール系除草剤は、恐らくQ_B部位のD1-His215に水素結合し、His-Fe^<2+>-His架橋構造を介してD2-His214とQ_Aとの水素結合強度を変化させ、その酸化還元電位に影響を与えることが示された。このことは、Q_A及びQ_Bの酸化還元電位はその水素結合構造によりコントロールされ、Q_AからQ_Bへのスムースな電子移動を実現していることを示している。

  • Research Products

    (44 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (28 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Fourier transform infrared analysis of the photosynthetic oxygen-evolving center2008

    • Author(s)
      T. Noguchi
    • Journal Title

      Coordination Chemistry Reviews 252

      Pages: 336-346

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] FTIR detection of water reactions in the oxygen-evolving center of photosystem II2008

    • Author(s)
      T. Noguchi
    • Journal Title

      Phil. Tras. R. Soc. B 363

      Pages: 1189-1195

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Flash-induced FTIR difference spectroscopy shows no evidence for structuralcoupling of bicarbonate to the oxygen-evolving Mn cluster in photosystem II2008

    • Author(s)
      C. Aoyama, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 47

      Pages: 2760-2765

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Influence of histidine-198 of the D1 subunit on the properties of the primary electron donor, P680, of photosystem II in Thermosynechococcus elongatus2008

    • Author(s)
      M. Sugiura, et. al.
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta 1777

      Pages: 331-342

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Oxygen evolution in the thylakoid-lacking cyanobacterium Gloeobacter violaceus PCC 74212008

    • Author(s)
      K. Koyama, et. al.
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta 1777

      Pages: 369-378

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The differences in the effects of solution additives on heat-and refolding-induced aggregation2008

    • Author(s)
      H. Hamada, et. al.
    • Journal Title

      Biotechnology Progress (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Correlation between the hydrogen-bond structures and the C=O stretching frequencies of carboxylic acids as studied by density functional theory calculations: Theoretical basis for interpretation of infrared bands of carboxylic groups in proteins2008

    • Author(s)
      K. Takei, et. al.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Herbicide effect on the hydrogen-bonding interaction of the primary quinone electron acceptor QA in photosystem II as studied by Fourier transform infrared spectroscopy2008

    • Author(s)
      A. Takano, et. al.
    • Journal Title

      Photosynth. Res. (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FTIR study on the hydrogen-bond structure of a key tyrosine residue in the flavin-binding blue light sensor TePixD from Thermosynechococcus elongatus2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 6459-6467

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] Drastic changes in the ligand structure of the oxygen-evolving Mn cluster upon Ca^<2+> depletion as revealed by FTIR difference spectroscopy2007

    • Author(s)
      Y. Taguchi, et. al.
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta 1767

      Pages: 535-540

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-induced FTIR difference spectroscopy as a powerful tool toward understanding the molecular mechanism of photosynthetic oxygen evolution2007

    • Author(s)
      T. Noguchi
    • Journal Title

      Photosynth. Res. 91

      Pages: 59-69

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of the special pair of photosystem II in a chlorophyll d-dominated cyanobacterium2007

    • Author(s)
      T. Tomo, et. al.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104

      Pages: 7283-7288

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Correlation between thermal aggregation and stability oflysozyme with salts described by molar surface tension increment: an exceptional propensity of ammonium salts as aggregation suppressor2007

    • Author(s)
      A. Hirano, et. al.
    • Journal Title

      Protein J. 26

      Pages: 423-433

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Criteria for determining the hydrogen bond structures of a tyrosine side chain by FTIR spectroscopy: DFT analyses of model hydrogen bonded complexes of p-cresol2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B 111

      Pages: 13833-13844

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Water molecules coupled to the redox-active tyrosine Y_D in photosystem II as detected by FTIR spectroscopy2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 14245-14249

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光化学系IIの分子機構:地球を変えた光駆動酸素発生酵素2008

    • Author(s)
      野口巧
    • Organizer
      日本化学会第88春季年会
    • Place of Presentation
      立教大
    • Year and Date
      20080326-30
  • [Presentation] FTIR法による光合成水分解反応におけるプロトン放出パターンの検出2008

    • Author(s)
      鈴木博行 等
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20080320-22
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるチロシンYDと水分子の相互作用2008

    • Author(s)
      高橋亮太 等
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20080320-22
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるPsbPの酸素発生系との直接的相互作用:FTIR法による解析2008

    • Author(s)
      冨田めぐみ 等
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20080320-22
  • [Presentation] クロロフィルdを主要色素としてもつシアノバクテリアの光学系Iのサブユニット組成と光化学反応の解析2008

    • Author(s)
      鞆達也 等
    • Organizer
      日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20080320-22
  • [Presentation] 光化学系IIにおける水・キノン酸化還元反応の分子機作:赤外分光法による解析2008

    • Author(s)
      野口巧
    • Organizer
      分子研研究会「分子の視点から見る光合成」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      20080310-11
  • [Presentation] Roles of Extrinsic proteins in Photosynthetic Oxygen Evolution:Analysis by FTIR spectroscopy 光合成酸素発生反応における表在性蛋白質の役割:FTIR法による解析2007

    • Author(s)
      M. Tomita, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] Structural relevance of the Ca^<2+> ion with substrate water in the photosynthetic oxygen evolving center as studied by FTIR spectroscopy FTIR分光法による光合成酸素発生系におけるCa^<2+>イオンと基質水分子の構造的関与の解析2007

    • Author(s)
      Y. Shibuya, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] Analyses of the molecular interactions of plastoquinone electron acceptors in photosystem II by FTIR spectroscopy and DFT calculations FTIR 及び量子化学計算による光化学系IIにおけるプラストキノンの分子相互作用の解析2007

    • Author(s)
      A. Takano, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] Structural coupling of water molecules to YD in photosystem II as revealed by FTIR spectroscopy FTIR法による光化学系IIにおけるチロシンYDと水分子の相互作用の検出2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] FTIR stuay on the structural coupling of bicarbonate to the Mn cluster in photosystem II光化学系IIにおけるMnクラスターと炭酸水素イオンの相互作用に関するFTIR法による研究2007

    • Author(s)
      C. Aoyama, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] Hydrolysis reaction of a new substrate tent-butyl isocyanide catalyzed by nitrie hydratase: Product analysis by ATR-FTIR spectroscopyニトリルヒドラターゼによる新規基質tert-butyl isocyanideの加水分解反応:ATR-FTIR法による生成物の同定2007

    • Author(s)
      H. Suzuki, et. al.
    • Organizer
      日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] The characterization of Photosystem I and II in a chlorophyll d-dominated cyanobacterium2007

    • Author(s)
      T. Tomo, et. al.
    • Organizer
      7th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20071209-14
    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Presentation] The effect of charge delocalization on the oxidation potential of a chlrophyll dimer2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Organizer
      7th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20071209-14
  • [Presentation] Components and photochemical reactions in photosystem II of the Chld-dominated cyanobacterium, Acaryochloris marina2007

    • Author(s)
      M. Mimuro, et. al.
    • Organizer
      7th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20071209-14
  • [Presentation] Identification of special pair and ChlZ of Photosystem II in Acaryochloris marina2007

    • Author(s)
      T. Tomo, et. al.
    • Organizer
      Photosynthesis 2007
    • Place of Presentation
      Glasgow
    • Year and Date
      20070722-27
  • [Presentation] Structural coupling of water molecules with Y_D in photosystem II as revealed by FTIR spectroscopy2007

    • Author(s)
      R. Takahashi, et. al.
    • Organizer
      Photosynthesis 2007
    • Place of Presentation
      Glasgow
    • Year and Date
      20070722-27
  • [Presentation] FTIR Study on the Proton Release Pattern during Water Oxidation in Photosystem II Core Complexes from Thermosynechococcus elongatus2007

    • Author(s)
      H. Suzuki, et. al.
    • Organizer
      Photosynthesis 2007
    • Place of Presentation
      Glasgow
    • Year and Date
      20070722-27
  • [Presentation] Acaryochloris marinaの光化学系II反応中心色素の同定2007

    • Author(s)
      鞆達也 等
    • Organizer
      光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20070630-0701
  • [Presentation] FTIRによる光化学系IIにおけるプラストキノンの分子相互作用の解析2007

    • Author(s)
      高野晃 等
    • Organizer
      光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20070630-0701
  • [Presentation] 光合成酸素発生系におけるCa^<2+>イオンと基質水分子の構造的関与2007

    • Author(s)
      渋谷勇一 等
    • Organizer
      光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20070630-0701
  • [Presentation] 光合成酸素発生反応における表在性蛋白質の役割:FTIR法による解析2007

    • Author(s)
      冨田めぐみ 等
    • Organizer
      光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20070630-0701
  • [Presentation] 光合成水分解反応におけるプロトン放出パターンのpH依存性2007

    • Author(s)
      鈴木博行 等
    • Organizer
      光合成の色素系と反応中心に関するセミナー
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      20070630-0701
  • [Presentation] 光合成酸素発生マンガンクラスターにおけるCa^<2+>イオン近傍の構造2007

    • Author(s)
      鈴木博行 等
    • Organizer
      生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学
    • Year and Date
      20070622-23
  • [Presentation] 光化学系IIにおけるチロシンY_Dの水素結合構造と水分子との相互作用2007

    • Author(s)
      高橋亮太 等
    • Organizer
      日本光合成研究会シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      20070525-26
  • [Presentation] 光合成水分解反応のS状態サイクルにおけるプロトン放出パターン:FTIR法による解析2007

    • Author(s)
      鈴木博行 等
    • Organizer
      日本光合成研究会シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      20070525-26
  • [Presentation] FTIR detection of the reactions in OEC during S-state cycling2007

    • Author(s)
      T. Noguchi
    • Organizer
      Discussion meeting at the Royal Society in London "Revealing how Nature uses sunlight to split water"
    • Place of Presentation
      London
    • Year and Date
      20070423-24
  • [Presentation] 植物は如何にして水から酸素を作るか?2007

    • Author(s)
      野口巧
    • Organizer
      第十回ハイテク・リサーチ・センター研究発表会
    • Place of Presentation
      神奈川大学
    • Year and Date
      2007-10-13
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.ims.tsukuba.ac.jp/~noguchi_lab/home.html

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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