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2007 Fiscal Year Annual Research Report

カタブレファリス類配列をふくむ連結データ系統解析によるクロミスタ仮説の検討

Research Project

Project/Area Number 18570214
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

稲垣 祐司  University of Tsukuba, 大学院・生命環境科学研究科, 准教授 (50387958)

Keywords分子進化 / 真核生物系統 / 連結データ解析 / クロミスタ仮説 / 葉緑体
Research Abstract

クロミスタ仮説に基づくと、不等毛植物類・ハプト藻類・クリプト藻類は単系統であり、これらの生物群の共通祖先でクロロフィルa+cタイプ葉緑体を獲得したと考えられる。ところが、現在までの核遺伝子配列をもちいた分子系統解析は、ハプト藻類・クリプト藻類との姉妹群関係は極めて強く支持されているが、そこに不等毛植物類が近縁となるかどうかは不明である。
カタブレファリス類はクリプト藻類と近縁であると考えられているが、今日までそれほど多くの遺伝子配列は報告されていない。現在2種のカタブレファリス類培養株を購入・培養し、各種遺伝子配列の取得を行っている。研究計画ではカタブレファリス類cDNAライブラリーを作成し、網羅的遺伝子探索を行う予定であった。しかし、現在のところカタブレファリス類培養サンプルから、その餌となるハプト藻類細胞を排除しきれず、cDNAライブラリー作成には至っていない。しかし、タンパク質合成に関わる翻訳伸長因子2(EF2)と翻訳伸長因子1α様(EFL)タンパクをコードする遺伝子を単離した。これまでハプト藻類・クリプト藻類との姉妹群関係は、複数遺伝子配列に基づく連結データ解析のみで復元されているが、興味深いことにEF2解析ではカタブレファリス類+ハプト藻類+クリプト藻類の単系統性が極めて明瞭に復元され、されに植物(紅藻類・緑色植物類)との近縁となることが分かっている。これは上記3生物群が共通祖先をもち、その祖先生物に植物類からの遺伝子水平移動が起こったと解釈できる。一方EFL解析では、カタブレファリス類は、ハプト藻類ともクリプト藻類とも近縁性を示さなかった。これは、3生物群が分岐した後独立かつ水平的にEFL遺伝子を獲得したことを示唆する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2008 2007

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] 複数遺伝子の連結データに基づく分子系統樹の推定-真核生物の大系統の解析を例として2008

    • Author(s)
      橋本哲男, 有末伸子, 坂口美亜子, 稲垣祐司
    • Journal Title

      統計数理 (In press)

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Eukaryotic origin of glycera1dehydes-3-phosphate dehydrogenase genes in Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum genomes and putative fates of the exogenous gene in the subsequent genome evolution.2008

    • Author(s)
      Takishita K, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Gene (In press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolving genetic code.2008

    • Author(s)
      Ohama T, Inagaki Y, Bessho Y, Osawa S.
    • Journal Title

      Proceeding of the Japan Academy Series B 84

      Pages: 58-74

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Origins of plastids and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase genes in the green colored dinoflagellate Lepidodinium chlorophorum.2008

    • Author(s)
      Takishita K, Kawachi M, Noel M-H, Matsumoto T, Kakizoe N, Watanabe MM, Inouye I, Ishida K, Hashimoto T, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Gene 410

      Pages: 26-36

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple gene phylogenies support the monophyly of cryptomonad and haptophyte host lineages.2007

    • Author(s)
      Patron NJ, Inagaki Y, Keeling PJ
    • Journal Title

      Current Biology 17

      Pages: 887-891

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Assessing the monophyly of chlorophyll-c containing plastids by multi-gene phylogenies under the unlinked model conditions.2007

    • Author(s)
      Iida K, Takishita K, Ohshima K, Inagaki Y.
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution 45

      Pages: 227-238

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proposal of Pseudochattonella verruculosa gen. nov., comb. nov. (Dictyochophyceae)for a former raphidophycean alga Chattonella verrculosa, based on 18S rDNA phylogeny and ultrastructural characteristics.2007

    • Author(s)
      Hosoi-Tanabe S, Honda D, Fukaya S, Inagaki Y, Sako Y.
    • Journal Title

      Phycological Research 55

      Pages: 185-192

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ultrastructure and ribosomal RNA phylogeny of the free-living heterotrophic flagellate Dysnectis brevis n. gen., n. sp., a new member of the Fornicata.2007

    • Author(s)
      Yubuki N, Inagaki Y, Nakayama T, Inouye I.
    • Journal Title

      Journal of Eukaryotic Microbiology 54

      Pages: 191-200

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fragmentation of mitochondrial large subuint rRNA in a dinoflagellate Alexandrium catenella and the evolution of rRNA structure in alveolate mitochondria.2007

    • Author(s)
      Kamikawa R*, Inagaki Y*, Sako Y.(*共同筆頭著者)
    • Journal Title

      Protist 58

      Pages: 239-245

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diversity of microbial eukaryotes in sediment at a deep-sea methane cold seep: surveys of ribosomal DNA libraries from raw sediment samples and two enrichment cultures.2007

    • Author(s)
      Takishita K, Yubuki N, Kakizoe N, Inagaki Y, Maruyama T.
    • Journal Title

      Extremophiles 11

      Pages: 563-576

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Centrohelida is still searching for phylogenetic home: analyses of seven Raphidiophrys contractilis genes.2007

    • Author(s)
      Sakaguchi M, Inagaki Y, Hashi moto T.
    • Journal Title

      Gene 405

      Pages: 47-54

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Eukaryotic origin of glyceraldehydes-3-phosphate dehydrogenase genes in Clostridium thermocellum and Clostridium cellulolyticum genomes.2007

    • Author(s)
      Inagaki Y.
    • Organizer
      アジア・アフリカ進化会議-長谷川政美退官記念シンポジウム
    • Place of Presentation
      生命の森リゾート 日本エアロビクスセンター・千葉
    • Year and Date
      20071204-07
  • [Presentation] Maximum-likelihood bootstrap support and heuristic tree search.2007

    • Author(s)
      Inagaki Y.
    • Organizer
      Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution
    • Place of Presentation
      Halifax, Canada
    • Year and Date
      20070924-28
  • [Presentation] Monophyly of chlorophyll-c containing plastids?: multigene phylogeny under the unlinked/separate model conditions.2007

    • Author(s)
      Inagaki Y.
    • Organizer
      International Colloquium on Endocytobiology and Symbiosis
    • Place of Presentation
      Gmunden, Austria
    • Year and Date
      20070910-13
  • [Presentation] 102核コード遺伝子に基づくクリプト藻類・ハプト藻類の系統関係: "Craptomonads"?2007

    • Author(s)
      稲垣祐司
    • Organizer
      第3回日本進化原生生物研究会
    • Place of Presentation
      海洋研究開発機構・横浜研究所・横浜
    • Year and Date
      20070707-08
  • [Presentation] 一次植物におけるelongation factor(EF)-like遺伝子の侵入・EF-1α機能乗取り2007

    • Author(s)
      稲垣祐司
    • Organizer
      第71回植物学会大会
    • Place of Presentation
      東京理科大学・野田
    • Year and Date
      2007-09-08

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Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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