2007 Fiscal Year Annual Research Report
癌関連遺伝子・タンパク質パスウェイの画像表示システム開発
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18590538
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
満山 進 Keio University, 医学部, 助教 (30296727)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大坪 正史 浜松医科大学, 光量子医学研究センター, 助教 (10327653)
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| Keywords | 癌 / データベース / タンパク質 / 遺伝子 / パスウェイ / 画像 / 疾患 / 機能性ドメイン |
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| Research Abstract |
癌関連タンパク質、タンパク質パスウェイ、癌疾患、遺伝子変異と発癌の関連を検索できる統合検索システムの構築を行った。実装した機能は、1:癌関連遺伝子とその産生されるタンパク質パスウェイ、ドメインと関与する疾患のグラフィカル表示、2:遺伝子多型を含む遺伝子変異のグラフィカル表示、3:共通なタンパク質のドメインを持つ癌関連遺伝子、タンパク質の構造、疾患の検索、4:疾患名、遺伝子名からの検索、5:疾患名の日本語、英語によるキーワード検索・表示機能、6:タンパクドメイン名一覧からの検索である。データの収集は、NCBI GenbankのRefSeqの対応表(1oc2ref)によりRefSeq IDの抽出を行い、cDNA配列とタンパク質のアミノ酸配列の取得を行った。さらに、SMARTによるタンパク質のドメイン検索、OMIM、HGMDによる疾患原因遺伝子検索、Pubmedを用いた文献検索を行った。本年度は、220遺伝子、84疾患原因遺伝子(そのうち癌関連遺伝子45)についてデータ収集を行い、22のタンパク質パスウェイ、111文献、355NCBI Refseq cDNA配列及びアミノ酸配列の収集を行った。本研究では、遺伝子発現や生化学的活性についても表示できるようにする予定であったが、今後の検討課題とすることになった。データの検索画面は、インターネットに対応しWebブラウザ(lnternet Explorer,Netscapeなど)を利用した簡単な接続と使いやすいインターフェースの作成を行い、試用版を公開した。
(http://131.113.190.16/php/crpd.html)。本システムを活用することによってタンパク質の相互作用と発癌の関連が容易に理解できるだけでなく、それらの情報を診断、治療など医療に役立てることができると期待される。
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