遺伝子コピー数多型に基づく薬物動態関連遺伝子の日本人における個人差解析法の開発

2006 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18590545
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Research Institution: National Institute of Health Sciences
• Principal Investigator: 石田 誠一 国立医薬品食品衛生研究所, 薬理部, 主任研究官 (10270505)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 小澤 正吾 国立医薬品食品衛生研究所, 薬理部, 室長 (20185581) ; 田辺 秀之 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 助教授 (50261178)
• Keywords: 薬剤反応性 / ヒトゲノム / コピー数多型

Research Abstract

本年度11月23日発行のNature誌において、国際コンソーシャムによるヒト遺伝子コピー数多型(CNV)の全ゲノムを対象とした解析結果が報告され(RedonR.et al.,Nature 2006,444,444-454)、同時にデータが公開された(http://www.sanger.ac.uk/humgen/cnv/data/)。そこで、薬物動態関連遺伝子を対象に、同データベースでCNVの存在の有無の検索を実施した(ヒューピットジェノミクス株式会社に委託)。その結果、対象とした238遺伝子のうち63遺伝子において109個のCNVが見出された。CNVの存在頻度は各CNVによって異なり、1%以下のものから10%を超えるものまで存在した。CNVの存在が確認された遺伝子より、10種の遺伝子について検出プローブの設計に着手した。解析法としてはヒトゲノムDNAにおける各遺伝子のコピー数をRNase Pを対照としたreal-time PCRにてΔΔCt法により測定する予定であるため、TaqMan Chemistryに基づいて設計を行っている。
プローブの設計と並行して、ヒューマンサイエンス研究資源バンクより、日本人由来ヒト不死化B細胞ゲノムDNA100サンプルを購入した。ドナーの構成は20,30,40,50,60歳代の日本人男女各10ドナーずつ、計100ドナーである。当該サンプルの購入に必要な当所倫理委員会の承認は平成17年2月に取得済みである。
以上、初年度は対象とする薬物動態関連遺伝子の絞込みを行い、そのゲノムコピー数を測定する系の設計を開始した。併せて、測定に必要なヒトゲノムサンプルを入手した。二年度目は、実際のコピー数データの収集を100ドナー規模で行い、得られたデータの評価法の検討などを行う予定である。作成したデータベースは、随時最新情報に更新し新規対象遺伝子の絞り込みに活用する。