2006 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムの欠失・挿入型多型を利用した高感度キメリズム解析法の確立
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18590547
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | National Hospital Organization Nagoya Medical Center |
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Principal Investigator |
大橋 春彦 独立行政法人国立病院機構(名古屋医療センター臨床研究センター), 造血幹細胞研究部, 部長 (20360810)
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| Keywords | キメリズム解析 / 造血幹細胞移植 / 遺伝子多型 |
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| Research Abstract |
本研究の目的は同種造血幹細胞移植(SCT)後の重要な臨床検査であるキメリズム解析に関して、新しいより優れたシステムとしてゲノムの欠失・挿入型多型(insertion-deletion polymorphisms、indels)を用いる方法を確立することである。Indelsを用いる方法は現在一般に行われているshort tandem repeat(STR)を利用する方法と比較して、検出感度の改善が期待され、また想定外のPCR産物の産生や多型アリルごとのPCR効率の差に伴う患者・ドナー間のアリル比の判定困難の解消が期待される。
我々はキメリズム解析のマーカーとして用いる多型を選択するために、各種のゲノムの欠失・挿入型多型の日本人における頻度を調べた。まず、ヒトゲノム上の欠損・挿入型多型に関しての包括的な検討を行っている米国のMarshfield Medical Foundatioのデータベース(http://research.marshfieldclinic.org/genetics/)の検索を行い、候補となる多型マーカーの選択を行った。選択の基準は日本人における多型の頻度がキメリズム解析に利用する上で望ましい範囲(欠損アリルの比率が0.6〜0.8である)にあるとされていること、また欠損・挿入変異のサイズが10bp以上であることとした。8種の候補について、既に採取・保存している日本人50人の血液より採取したゲノムDNAを鋳型とするPCRを行い実際の多型の頻度(欠損/欠損、欠損/挿入、挿入/挿入)の検討を行い、これらのマーカーが解析に有用であることを確認した。
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[Journal Article] A case of myelofibrosis with myeloid metaplasia with JAK2(V617F) mutation who developed fibrous tumors in multiple organs.2007
Author(s)
Tabushi T, Ohashi H, Fukami S, Susaki N, Kunishima S, Yokozawa T, Nagai H, Moritani S, Ichihara S, Saito H, Hamaguchi M
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Journal Title
European Journal of Hematology 266
Pages: 264-266
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[Journal Article] Loss of 06-methylguanine-DNA methyltransferase protein expression is a favorable prognostic marker in diffuse large B-cell lymphoma.2007
Author(s)
Ohno T, Hiraga I, Ohashi H, Sugisaki C, Li E, Asano H, Ito T, Nagai H, Yamashita Y, Mori N, Kinoshita T, Naoe T
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Journal Title
International Journal of Hematology 347
Pages: 341-347
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