2008 Fiscal Year Annual Research Report
高解像度アレイCGHによる胃癌のゲノム異常獲得形式と病理組織学的因子との統合解析
| Project/Area Number |
18591400
|
|---|
| Research Institution | Hokkaido University |
|---|
Principal Investigator |
富岡 伸元 Hokkaido University, 大学院・医学研究科, 客員研究員 (80399899)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
多田 光宏 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 准教授 (10241316)
|
|---|
| Keywords | アレイCGH / ゲノム異常解析 / 原発性胃癌 / 統合解析 |
|---|
| Research Abstract |
胃癌56例に対するアレイCGH解析をおこない、その結果をもとに臨床病理学的因子とゲノム異常との関連解析を施行した。
異なる病理組織型の間では、明らかに異なるゲノム異常パターンは見出されなかったが、幾つかの領域(5q13.2、8q24.3、14q32、15q11.2、16p13.2、18q21、19p13)で、異なるゲノム異常を呈していることが確認された。そのうち、correlation coefficient≧0.4で相関する遺伝子発現異常を呈したのは、8q24.3のFOXH1であった。また、組織型共通のゲノム異常領域としては、共通増加領域(3p26、6q22、11q12、17q23、20q13)や、共通欠失領域(4q12、4q34、8p23、12q24、13q21、15q11、17p11)が確認された。これらは組織型が決定する以前に引き起こされているゲノム異常である可能性もあり、あるいは組織型に共通の悪性度獲得様式に関わるゲノム異常領域である可能性が示唆された。この領域でcorrelation coefficient≧0.4で相関する遺伝子発現異常を呈したのは、3p26.3のCCRL2、12q24のGOLGA3, CHFR、20q13のBCAS1, PTK6であった。
また、予後に関連するゲノム異常領域も抽出できており、増加すると予後不良である領域(1q21、2p25)、欠失すると予後不良な領域(3p21-22、6p21、9q21、9q32、11p15.4、17q12-21)、あるいは、増加していると予後良好な領域(3p21)や、欠失していると予後良好な領域(5p15、5q21、15q21-22、15q25、18q21)が同定されている。バイオインフォマティクスによる統計解析処理により、極めて有用な予後関連4領域を抽出した(6q21、9q32、17q21.1、17q21.3)。それぞれの領域でcorrelation coefficient≧0.4で相関する遺伝子発現異常を呈したのは、NR2E1、HSDL2、RAPGEFL1、HOX6, 7, 8であった。
今回の解析により、原発胃癌の4つの重要予後関連領域(6q21、9q32、17q21.1、17q21.3)が同定され、そのstatusを評価することで、これまでの予後予測因子とは独立した形で高精度の予後予測が可能となった(ρ=0.0004)。また、その領域に座位する遺伝子の発現解析結果との統合解析により、それら予後関連領域のゲノム異常の生物学的意義が解明されれば、新たな治療法開発への可能も拡がってくることが期待される。
|
