2008 Fiscal Year Annual Research Report
種特異的選択的プロモーターの体系的解析による転写制御配列要素形成機構の解明
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18681029
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
鈴木 穣 The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
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| Keywords | プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点 |
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| Research Abstract |
我々は、ヒト遺伝子上流1kbの仮想プロモーター領域の配列の進化的変遷とプロモーター活性の相関に関する実験的解析を行っている。これまでに、ヒトプロモーター領域約450種類、ランダムに抽出したゲノム領域250種類、マウスについてその対応する遺伝子50種類について収集したプロモーター活性データを用い、プロモーター活性とプロモーター配列の相関関係の検証を行ってきた。motif expression decomposition(MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。同様な予測はマウスプロモーターについても可能であった。ただし、プロモーター活性の異なるマウスプロモーターに対して、得られたモデルを用いても、その活性変化を予測することは多くの場合、困難であった。
また、我々は同時にプロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の開発を行った。従来のPCRを改編した系を利用した実験系を用いることにより約5%程度の突然変異を簡便に導入する方法を開発することが可能となった。これらに対しても同様にMEDモデルによる評価を行ったが、天然に存在するプロモーター活性予測とはそのモデル安定性が大きく異なっていた。現在、ヒト、マウスプロモーターとその進化的変化、あるいは人工的に合成したプロモーターの予測精度が大きくその性質を異にする理由について計算機的な解析を進めている。
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Research Products
(1 results)
