2008 Fiscal Year Final Research Report

Characterization of Evolutional Turn-over of species-specific alternative promoters

Research Project

Project/Area Number	18681029
Research Category	Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
Allocation Type	Single-year Grants
Research Field	基礎ゲノム科学
Research Institution	The University of Tokyo
Principal Investigator	SUZUKI Yutaka The University of Tokyo, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
Project Period (FY)	2006 – 2008
Keywords	プロモーター / 分子進化 / 発現制御 / 完全長cDNA / 転写開始点
Research Abstract	motif expression decomposition (MED)モデルを用いて、プロモーター活性の予測可能性を検討したところ、相関係数で0.8程度の精度で予測を行うことが可能であった。10-foldのクロスバリデーションを行ったところ、本予測系は、データセットに対して、十分な再現性と許容範囲をもったものであることを確認することができた。また、プロモーター配列中にランダムな突然変異の導入系の開発を行い、約5%程度の突然変異を簡便に導入することが可能となった。実際にEF1A1を用いて、最大10%の点突然変異の導入により、同プロモーターの活性が0.03倍から6.5倍まで改変できることを確認しており、用途に応じたプロモーターを創成することがある程度可能になったと考えている。

(2 results)