2008 Fiscal Year Annual Research Report
可搬性のあるデータ形式をサポートする大規模並列入出力システムに関する研究
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18700074
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| Research Institution | Kinki University |
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Principal Investigator |
辻田 祐一 Kinki University, 工学部, 講師 (70360435)
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| Keywords | MPI / MPI-I / O / Stampi / netCDF / parallel netCDF |
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| Research Abstract |
可搬性のあるデータ形式をサポートする大規模並列入出力を実現するため、日本原子力研究開発機構システム計算科学センターで開発された異機種計算機問通信ライブラリStampiをベースに、計算アプリケーション向けに開発された可搬性のあるデータ形式をサポートする並列入出力システムであるParallel netCDFインタフェースを計算機間でも透過的に利用可能にする機能の開発・性能評価並びに改善を行った。Parallel netCDFでは、Message Passing Interfaceで定められている派生データ型を用いた非連続データパターンによる並列入出力を利用しており、これを計算機間でも利用可能にする集団型並列入出力機能の実装と性能評価を行った。その結果、1プロセスによる逐次型入出力に比べて、入出力プロセスの並列化等による性能向上が見られた。また、派生データ型によるプロセス間の複雑なデータ入れ替えは、自計算機内の計算プロセス間でのみ行われ、計算機間で発生しないことにより、データサイズが小さい通信を多く行う必要が無くなり、計算機間の入出力性能の低下を抑える働きが確認できた。さらに派生データ型のパターンによる計算機間入出力性能の比較を行ったところ、パターン間の性能差は、ほぼローカル入出力で生じる性能差と等しいことが分かり、本実装が大きな要因ではないことが分かった。以上により、本研究で設計・開発した並列入出力システムの有用性を確認できた。
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